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- PDB-6tn0: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tn0
タイトルRapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures
要素[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / OFF-RATE SCREENING / PDHK / HSP90 / SPR / KINASE INHIBITORS / FRAGMENT SCREENING / CANCER / PDK1 / PDK2 / PDK3 / PDK4
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-bis(oxidanyl)benzamide / Chem-TF3 / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.905 Å
データ登録者Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures
著者: Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / Collins, P.M. / Krojer, T. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2755
ポリマ－44,6481
非ポリマー6284
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.051, 109.051, 83.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDKII


分子量: 44647.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase

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非ポリマー , 5種, 150分子

#2: 化合物 ChemComp-TF3 / N-(2-AMINOETHYL)-2-{3-CHLORO-4-[(4-ISOPROPYLBENZYL)OXY]PHENYL} ACETAMIDE


分子量: 360.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25ClN2O2
#3: 化合物 ChemComp-NLZ / 2,4-bis(oxidanyl)benzamide / 2,4-ジヒドロキシベンズアミド


分子量: 153.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 5.8 0.125 M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.905→94.441 Å / Num. obs: 27801 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.905→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 1.241 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1390 / CC1/2: 0.713

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.905→94.441 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 1332 4.791 %
Rwork0.1758 --
all0.178 --
obs-27801 62.599 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.002 Å20.001 Å20 Å2
2--0.002 Å2-0 Å2
3----0.005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.905→94.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2718 0 41 146 2905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0172607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.6453831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3771.5736052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4355338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23322.727143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.17315478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7161514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2150.22271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21366
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0710.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0090.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2710.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0870.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7974.7781361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7944.7741360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3537.1341693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3517.1391694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6445.2261468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6425.2271469
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7447.6742137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7427.6752138
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.81556.7833195
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.84856.6943174
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc work% reflection obs (%)WRfactor RworkFsc free
1.905-1.9550.00610.271300.25632700.8170.9480.274
1.955-2.0080.339130.3012230.30331820.7757.41670.3040.678
2.008-2.0660.285280.2764070.27731070.77514.00060.2760.792
2.066-2.130.271260.2666600.26630090.8122.79830.2550.796
2.13-2.20.258370.2478990.24829270.85131.97810.2330.865
2.2-2.2770.248260.2411600.2428250.87641.98230.2220.882
2.277-2.3630.254680.22413960.22527130.88453.96240.1990.87
2.363-2.4590.2721010.23420120.23626400.88280.03790.2060.878
2.459-2.5680.2631620.22323290.22625120.89699.1640.1920.884
2.568-2.6940.249890.21323070.21423960.9061000.1860.892
2.694-2.8390.309990.18821970.19222970.92499.95650.1670.878
2.839-3.0110.2321360.18520480.18821840.9321000.1640.919
3.011-3.2190.2251090.1819270.18320360.9421000.1670.935
3.219-3.4760.226920.17818080.18119000.9541000.1690.938
3.476-3.8080.194930.1616610.16117540.9631000.1540.951
3.808-4.2560.18750.14715140.14915900.96799.93710.1510.957
4.256-4.9130.173590.13213580.13414170.9711000.1440.969
4.913-6.0130.197580.16711310.16911890.9561000.1840.954
6.013-8.4870.26370.1788920.1829290.9481000.2030.945
8.487-94.4410.241230.1795100.1815330.9491000.2160.932

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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