PDB-6tks: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-1720)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tks

タイトル

Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-1720)

要素

Tankyrase-2

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Poly-ADP-ribosylation / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Preclinical Lead Optimization of a 1,2,4-Triazole Based Tankyrase Inhibitor.
著者: Waaler, J. / Leenders, R.G.G. / Sowa, S.T. / Alam Brinch, S. / Lycke, M. / Nieczypor, P. / Aertssen, S. / Murthy, S. / Galera-Prat, A. / Damen, E. / Wegert, A. / Nazare, M. / Lehtio, L. / Krauss, S.

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tks.cif.gz	175.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tks.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tks_validation.pdf.gz	835.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tks_full_validation.pdf.gz	839.9 KB	表示
XML形式データ	6tks_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	6tks_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tg4C 6tkmC 6tknC 6tkpC 6tkqC 6tkrC 5nobS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kzq-1 4hlh-2 5ety-2 4l0i-1 4l0v-2 5aeh-2 5akw-2 4n3r-1 4bjc-d 4bu6-2 5fpf-2 4iue-d 4l0i-2 4bs4-2 5c5r-1 4bui-2 4but-2 4l09-1 4w5i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Tankyrase-2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Based on gel filtration, the protein runs as a monomer.
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.600, 76.420, 148.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	Tankyrase-2 / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 27299.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-NJ2 / ~{N}-[3-[5-(5-ethoxypyridin-2-yl)-4-(2-fluorophenyl)-1,2,4-triazol-3-yl]cyclobutyl]-1,6-naphthyridine-2-carboxamide 分子量: 509.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₄FN₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 7.5-25% PEG 6000, Bicine, pH=9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16853 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.392 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.91
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 1257 / CC_1/2: 0.954

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NOB

5nob

解像度: 2.5→41.519 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 13.293 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.651 / ESU R Free: 0.305 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	843	5.002 %
R_work	0.2138	-	-
all	0.216	-	-
obs	-	16853	98.677 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.242 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.219 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.399 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3285	0	78	37	3400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	1.68	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.19	1.601	6992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.98	5	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.256	21.024	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.487	15	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.101	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.487	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.724	5.651	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.72	5.649	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.499	8.457	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.498	8.458	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.741	5.893	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.74	5.893	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.519	8.713	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.518	8.713	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.919	62.719	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.918	62.711	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.09	0.05	6369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.292	63	0.354	1191	X-RAY DIFFRACTION	99.2089
2.565-2.635	0.374	59	0.352	1129	X-RAY DIFFRACTION	99.4975
2.635-2.712	0.32	58	0.323	1101	X-RAY DIFFRACTION	99.6561
2.712-2.795	0.408	56	0.29	1064	X-RAY DIFFRACTION	99.115
2.795-2.887	0.259	55	0.251	1046	X-RAY DIFFRACTION	99.3682
2.887-2.988	0.269	54	0.218	1024	X-RAY DIFFRACTION	99.5383
2.988-3.101	0.249	51	0.218	970	X-RAY DIFFRACTION	99.5127
3.101-3.227	0.276	51	0.207	966	X-RAY DIFFRACTION	99.2195
3.227-3.371	0.277	47	0.204	891	X-RAY DIFFRACTION	99.5754
3.371-3.535	0.245	45	0.221	870	X-RAY DIFFRACTION	98.7055
3.535-3.726	0.249	41	0.235	766	X-RAY DIFFRACTION	92.0182
3.726-3.952	0.291	41	0.209	776	X-RAY DIFFRACTION	97.6105
3.952-4.225	0.199	39	0.177	744	X-RAY DIFFRACTION	99.4917
4.225-4.563	0.216	36	0.162	696	X-RAY DIFFRACTION	98.9189
4.563-4.998	0.214	34	0.175	630	X-RAY DIFFRACTION	98.6627
4.998-5.587	0.299	30	0.199	581	X-RAY DIFFRACTION	97.4482
5.587-6.45	0.276	28	0.214	524	X-RAY DIFFRACTION	98.3957
6.45-7.895	0.244	24	0.185	460	X-RAY DIFFRACTION	99.1803
7.895-11.15	0.172	19	0.155	365	X-RAY DIFFRACTION	99.7403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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