PDB-6tkq: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-2700)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tkq

タイトル

Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-2700)

要素

Tankyrase-2

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Poly-ADP-ribosylation / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Preclinical Lead Optimization of a 1,2,4-Triazole Based Tankyrase Inhibitor.
著者: Waaler, J. / Leenders, R.G.G. / Sowa, S.T. / Alam Brinch, S. / Lycke, M. / Nieczypor, P. / Aertssen, S. / Murthy, S. / Galera-Prat, A. / Damen, E. / Wegert, A. / Nazare, M. / Lehtio, L. / Krauss, S.

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tkq.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tkq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tkq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tkq_validation.pdf.gz	854.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tkq_full_validation.pdf.gz	860.1 KB	表示
XML形式データ	6tkq_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6tkq_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tg4C 6tkmC 6tknC 6tkpC 6tkrC 6tksC 5nobS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kzu-2 5nt0-2 4i9i-4 4uvn-1 5nt0-1 4tor-4 4hkk-1 5ebt-1 5zqp-d 3mhj-2 5nsp-1 3p0q-2 5nwd-2 5nve-2 4ui5-1 4l2k-1 4m7b-2 5nvf-1 4hlm-2 4kzq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Tankyrase-2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Based on gel filtration this runs as a monomer.
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.120, 76.840, 148.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	Tankyrase-2 / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 27299.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NJN / ~{N}-[3-[5-(5-ethoxypyridin-2-yl)-4-phenyl-1,2,4-triazol-3-yl]cyclobutyl]-1,5-naphthyridine-4-carboxamide 分子量: 491.544 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₅N₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 7.5-25% PEG 6000, Bicine pH=9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17374 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.471 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.37
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 1235 / CC_1/2: 0.895

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NOB

5nob

解像度: 2.5→41.707 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 10.489 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.688 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2516	869	5.002 %
R_work	0.1991	-	-
all	0.202	-	-
obs	-	17374	99.805 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.103 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.291 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.49 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.782 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.707 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3278	0	76	208	3562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.679	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.29	1.604	7147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.069	5	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.983	21.132	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.661	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.39	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.935	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.175	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.466	3.342	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.466	3.341	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.095	4.989	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.094	4.991	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.803	3.524	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.802	3.523	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.628	5.169	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.627	5.168	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.97	36.659	3906
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.969	36.653	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.095	0.05	6520

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.408	61	0.34	1170	X-RAY DIFFRACTION	99.6761
2.565-2.635	0.37	62	0.323	1178	X-RAY DIFFRACTION	99.839
2.635-2.711	0.302	59	0.323	1112	X-RAY DIFFRACTION	99.7445
2.711-2.795	0.382	59	0.268	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.6627
2.795-2.886	0.256	55	0.239	1045	X-RAY DIFFRACTION	99.5475
2.886-2.988	0.293	56	0.179	1054	X-RAY DIFFRACTION	99.6409
2.988-3.1	0.228	52	0.172	997	X-RAY DIFFRACTION	99.7148
3.1-3.227	0.264	52	0.187	995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.37	0.232	48	0.198	911	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.535	0.255	48	0.201	906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.535-3.726	0.275	44	0.193	834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.726-3.952	0.179	43	0.17	817	X-RAY DIFFRACTION	99.8839
3.952-4.224	0.194	41	0.146	772	X-RAY DIFFRACTION	99.8772
4.224-4.562	0.18	37	0.13	716	X-RAY DIFFRACTION	99.8674
4.562-4.997	0.175	35	0.137	658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.997-5.587	0.231	32	0.18	605	X-RAY DIFFRACTION	100
5.587-6.449	0.362	28	0.212	545	X-RAY DIFFRACTION	100
6.449-7.895	0.257	25	0.213	462	X-RAY DIFFRACTION	99.7951
7.895-11.15	0.189	20	0.201	381	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)