PDB-6tkn: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-1000)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tkn

タイトル

Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-1000)

要素

Tankyrase-2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Inhibitor /

Complex /

Poly-ADP-ribosylation (ADPリボース化) /

Enzyme (酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN /

NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation /

中心体マトリックス / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping /

転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Preclinical Lead Optimization of a 1,2,4-Triazole Based Tankyrase Inhibitor.
著者: Waaler, J. / Leenders, R.G.G. / Sowa, S.T. / Alam Brinch, S. / Lycke, M. / Nieczypor, P. / Aertssen, S. / Murthy, S. / Galera-Prat, A. / Damen, E. / Wegert, A. / Nazare, M. / Lehtio, L. / Krauss, S.

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tkn.cif.gz	177.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tkn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tkn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tg4C 6tkmC 6tkpC 6tkqC 6tkrC 6tksC 5nobS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nob-1 5ety-1 3p0p-2 4but-2 4w5i-2 6a84-d 5al1-2 4buw-2 4bfp-1 3uh2-1 4j1z-2 4bs4-2 4bui-2 4l0i-1 3ua9-1 4l0v-1 5fpf-2 5aku-1 4bu3-2 4l32-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Tankyrase-2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Based on gel filtration the protein runs as a monomer.
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.730, 76.760, 147.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	Tankyrase-2 / / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 27299.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-NJH / ~{N}-[3-[4-(2-chlorophenyl)-5-pyrimidin-4-yl-1,2,4-triazol-3-yl]-1-bicyclo[1.1.1]pentanyl]pyridine-2-carboxamide 分子量: 443.888 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₈ClN₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 7.5-25% PEG 6000, Bicine pH=9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17139 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.279 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.64
反射シェル	解像度: 2.5→2.57 Å / Num. unique obs: 1259 / CC_1/2: 0.616

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NOB

5nob

解像度: 2.5→40.162 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 12.144 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.642 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2487	858	5.006 %
R_work	0.209	-	-
all	0.211	-	-
obs	-	17139	99.866 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.077 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.336 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.175 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.511 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.162 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3293	0	66	103	3462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3468
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.782	1.676	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.312	1.594	6984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.838	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34	21.111	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.881	15	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.252	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.045	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.891	4.321	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.891	4.316	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.887	6.45	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.887	6.45	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.92	4.562	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.919	4.562	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.883	6.71	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.882	6.709	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.407	46.914	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.401	46.892	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.082	0.05	6447

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.429	62	0.377	1187	0.379	1251	0.655	0.705	99.8401	0.361
2.565-2.635	0.525	60	0.376	1148	0.382	1208	0.649	0.715	100	0.364
2.635-2.711	0.345	58	0.352	1100	0.352	1160	0.766	0.755	99.8276	0.334
2.711-2.794	0.358	59	0.297	1093	0.3	1153	0.812	0.835	99.9133	0.271
2.794-2.885	0.316	54	0.284	1036	0.286	1091	0.861	0.859	99.9083	0.26
2.885-2.986	0.243	55	0.227	1036	0.228	1092	0.888	0.9	99.9084	0.2
2.986-3.098	0.235	51	0.211	976	0.212	1028	0.903	0.92	99.9027	0.188
3.098-3.223	0.21	52	0.196	974	0.197	1028	0.948	0.949	99.8055	0.177
3.223-3.366	0.235	47	0.208	898	0.21	947	0.946	0.943	99.7888	0.19
3.366-3.529	0.273	46	0.22	879	0.223	926	0.91	0.929	99.892	0.2
3.529-3.718	0.235	44	0.206	825	0.208	870	0.95	0.943	99.8851	0.188
3.718-3.942	0.237	42	0.181	796	0.184	839	0.941	0.955	99.8808	0.164
3.942-4.211	0.221	40	0.158	769	0.161	809	0.947	0.962	100	0.144
4.211-4.544	0.183	37	0.14	706	0.142	743	0.969	0.972	100	0.129
4.544-4.971	0.193	34	0.137	642	0.14	677	0.96	0.973	99.8523	0.128
4.971-5.548	0.19	32	0.171	600	0.172	632	0.965	0.964	100	0.158
5.548-6.386	0.273	28	0.184	539	0.188	567	0.95	0.966	100	0.166
6.386-7.772	0.157	24	0.186	462	0.184	486	0.973	0.967	100	0.177
7.772-10.791	0.202	20	0.176	378	0.177	398	0.959	0.957	100	0.18
10.791-40.162	0.455	13	0.294	237	0.302	253	0.766	0.924	98.8142	0.305

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)