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万見
- PDB-6tiq: Refined solution NMR structure of hVDAC-1 in detergent micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tiq
タイトルRefined solution NMR structure of hVDAC-1 in detergent micelles
要素Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel membrane protein VDAC pore
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / regulation of autophagy of mitochondrion / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex ...negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / Mitochondrial calcium ion transport / regulation of autophagy of mitochondrion / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / mitochondrial permeability transition pore complex / Mitochondrial protein import / phosphatidylcholine binding / Pyruvate metabolism / oxysterol binding / monoatomic anion transport / pyruvate metabolic process / lipid transport / porin activity / cholesterol binding / pore complex / mitochondrial nucleoid / behavioral fear response / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / epithelial cell differentiation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / learning / mitochondrial membrane / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / Ub-specific processing proteases / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / synapse / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-selective voltage-gated ion channel VDAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Boehm, R. / Hiller, S. / Wagner, G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Research Council281764 スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: The Structural Basis for Low Conductance in the Membrane Protein VDAC upon beta-NADH Binding and Voltage Gating.
著者: Bohm, R. / Amodeo, G.F. / Murlidaran, S. / Chavali, S. / Wagner, G. / Winterhalter, M. / Brannigan, G. / Hiller, S.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8791
ポリマ－31,8791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / hVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Porin 31HL / Porin 31HM


分子量: 31878.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDAC1, VDAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21796

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D 1H-15N NOESY
123isotropic13D 1H-13C NOESY
132isotropic14D NUS-MDD-1H-13C-13C
143isotropic14D NUS-MDD-1H-15N-13C
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(CO)CA

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle10.6 mM U-99%-2H,13C,15N hVDAC-1, 3 % no LDAO, 95% H2O/5% D2O15N_13C_sample95% H2O/5% D2O
micelle20.6 mM [ U -99%- 2 H, 13 C, 15 N; 99%- 1 H delta -IL; 99%- 1 H gamma -V] hVDAC-1, 3 % [U-99% 2H] LDAO, 95% H2O/5% D2O15N NOESY95% H2O/5% D2O
micelle30.6 mM [ U -99%- 2 H, 15 N; 99%- 1 H delta , 13 C delta -IL; 99%- 1 H gamma , 13 C gamma -V] hVDAC-1, 3 % [U-99% 2H] LDAO, 95% H2O/5% D2O13C NOESY95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMhVDAC-1U-99%-2H,13C,15N1
3 %LDAOno1
0.6 mMhVDAC-1[ U -99%- 2 H, 13 C, 15 N; 99%- 1 H delta -IL; 99%- 1 H gamma -V]2
3 %LDAO[U-99% 2H]2
0.6 mMhVDAC-1[ U -99%- 2 H, 15 N; 99%- 1 H delta , 13 C delta -IL; 99%- 1 H gamma , 13 C gamma -V]3
3 %LDAO[U-99% 2H]3
試料状態イオン強度: 225 mM / Label: 1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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