PDB-6th8: Reconstructing the Origins of the HemD-like fold

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6th8

タイトル

Reconstructing the Origins of the HemD-like fold

要素

cU3Sd

キーワード

FLAVOPROTEIN / protein design / HemD-like fold / flavodoxin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III synthase activity / uroporphyrinogen III biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Coles, M. / Toledo-Patino, S. / Chaubey, M. / Hocker, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Reconstructing the Remote Origins of a Fold Singleton from a Flavodoxin-Like Ancestor.
著者: Toledo-Patino, S. / Chaubey, M. / Coles, M. / Hocker, B.

履歴

登録	2019年11月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6th8.cif.gz	785 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6th8.ent.gz	661.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6th8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/6th8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/6th8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5nhy-2 1hzt-d 1t2p-1 6jvh-2 1r67-d 1t2w-1 5dlo-d 4dx9-9 6glg-d 6f20-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34452Reconstructing the Origins of the HemD-like fold

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cU3Sd

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	cU3Sd 分子量: 13651.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48246*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	3D HNCO
1	2	1	isotropic	2	3D HNCA
1	3	1	isotropic	1	3D H(CCO)NH
1	4	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 29 mM [U-13C; U-15N] cU3Sd, 90% H2O/10% D2O / Label: 15N,13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 29 mM / 構成要素: cU3Sd / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	イオン強度: 1 Not defined / Label: 1 / pH: 8 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	600	1
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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