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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tff | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ADP-binding domain of the NAD+ riboswitch with Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) | ||||||
要素 | Chains: A | ||||||
キーワード | RNA / RNA structure / Riboswitch / X-ray crystallography / Non-coding RNA | ||||||
機能・相同性 | BROMIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Candidatus Koribacter versatilis Ellin345 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2020 タイトル: Structure and ligand binding of the ADP-binding domain of the NAD+ riboswitch. 著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tff.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tff.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tff.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tff_validation.pdf.gz | 707.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tff_full_validation.pdf.gz | 708.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tff_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tff_validation.cif.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/6tff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/6tff | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 16785.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Candidatus Koribacter versatilis Ellin345 (バクテリア) 参照: GenBank: 94549081 |
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-非ポリマー , 5種, 18分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NAD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.2 M Potassium Chloride, 0.1 M Mg Acetate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.6, 10% w/v Polyethylene Glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9186 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9186 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→55.42 Å / Num. obs: 11699 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0.6 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 73.53 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 552 / CC1/2: 0.41 / Rpim(I) all: 1.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6TF0 解像度: 2.52→55.42 Å / SU ML: 0.4325 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.7641
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→55.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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