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万見
- PDB-6tf0: Crystal structure of the ADP-binding domain of the NAD+ riboswitc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tf0
タイトルCrystal structure of the ADP-binding domain of the NAD+ riboswitch with Nicotinamide adenine dinucleotide, reduced (NADH)
要素Chains: A
キーワードRNA / RNA structure / tRNA-mimicking / X-ray crystallography
機能・相同性1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Candidatus Koribacter versatilis Ellin345 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Structure and ligand binding of the ADP-binding domain of the NAD+ riboswitch.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chains: A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,77012
ポリマ－16,8641
非ポリマー90611
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.272, 59.230, 191.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: RNA鎖 Chains: A


分子量: 16863.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Candidatus Koribacter versatilis Ellin345 (バクテリア)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.5 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.2 M Potassium Chloride, 0.1 M Mg Acetate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.6, 10% w/v Polyethylene Glycol 3350 (30% PEG200)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9195 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.11 Å / Num. obs: 36174 / % possible obs: 98.81 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 65.88 Å2 / CC1/2: 0.8 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 1.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 939 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→32.11 Å / SU ML: 0.3171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.5277
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 1650 4.56 %
Rwork0.21 --
obs0.2118 36174 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1112 39 25 1176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.65191986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0718262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6775624
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.50521320.46522867X-RAY DIFFRACTION98.07
2.16-2.230.4231630.46592860X-RAY DIFFRACTION97.9
2.23-2.310.41491580.37642835X-RAY DIFFRACTION98.42
2.31-2.40.371560.34362820X-RAY DIFFRACTION98.15
2.4-2.510.32331530.31112869X-RAY DIFFRACTION98.6
2.51-2.650.39671200.32262899X-RAY DIFFRACTION98.66
2.65-2.810.29961390.30752895X-RAY DIFFRACTION98.86
2.81-3.030.36831640.28142839X-RAY DIFFRACTION98.72
3.03-3.330.29151330.22732859X-RAY DIFFRACTION97.78
3.33-3.810.22461300.20142894X-RAY DIFFRACTION99.08
3.81-4.80.1771060.16252936X-RAY DIFFRACTION99.48
4.8-32.110.2192960.15842951X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.87500299987-0.4063689257661.798986230273.13664615623-0.4339850295644.583828479910.2583878410740.796265024191-0.296046954452-0.3110672917430.01720494193910.3767400548610.0830778096058-0.297575017796-0.2567476648170.4702119701860.05053289417620.04057505304130.68894104816-0.01956788511290.53530035380816.0606243714-1.6814054401522.2190289195
2-0.0411265014649-2.21774542794-1.332649328887.699982897126.997898187675.508456480420.0102636735289-0.3486203402470.648626508357-0.1959900128560.098119979263-0.310287222748-0.567742110878-0.138011578304-0.028369202240.8065051948940.02932876541270.06389408908270.864014735294-0.1071236635520.7645561812279.8815265259410.521643731645.9524959742
33.68507111652-0.06214517740491.415795524132.68145242149-1.092210154292.974478492010.09578980253740.5583119108740.0530617563692-0.2257024377280.1317583867030.305263080849-0.0463395464095-0.630822301843-0.2198393742530.5053952365550.088394329587-0.009467652540540.893925457637-0.00969890050840.62262047236311.1682034749-1.7017513032819.5584857813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 36 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 52 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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