PDB-6te6: Crystal structure of Dot1L in complex with an inhibitor (compound 3).

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6te6

タイトル

Crystal structure of Dot1L in complex with an inhibitor (compound 3).

要素

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

キーワード

TRANSFERASE / Dot1L / complex structure / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / regulation of transcription regulatory region DNA binding / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / telomere organization / DNA damage checkpoint signaling / heterochromatin formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Scheufler, C. / Stauffer, F. / Be, C. / Moebitz, H.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: New Potent DOT1L Inhibitors forin VivoEvaluation in Mouse.
著者: Stauffer, F. / Weiss, A. / Scheufler, C. / Mobitz, H. / Ragot, C. / Beyer, K.S. / Calkins, K. / Guthy, D. / Kiffe, M. / Van Eerdenbrugh, B. / Tiedt, R. / Gaul, C.

履歴

登録	2019年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年3月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6te6.cif.gz	282.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6te6.ent.gz	227.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6te6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6te6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6te6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6te6_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	6te6_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6te6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/6te6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6telC 6tenC 5drtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dtq-2 5dtr-1 5dtm-1 5dtq-1 5drt-1 5dry-1 6tel-1 6ten-1 4xj4-d 5dsx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

ヘテロ分子

77.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.540, 158.540, 74.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / DOT1-like protein / Histone H3-K79 methyltransferase / H3-K79-HMTase / Lysine N-methyltransferase 4 分子量: 38456.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOT1L, KIAA1814, KMT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TEK3, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-N4W / ~{N}1-[(~{S})-(3-chlorophenyl)-pyridin-2-yl-methyl]-4-methylsulfonyl-~{N}2-pyrimidin-2-yl-benzene-1,2-diamine 分子量: 465.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₀ClN₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.28 M Na/K-tartrate 0.1 M Hepes pH 6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99999 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→45.77 Å / Num. obs: 74086 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.203 % / B_iso Wilson estimate: 37.94 Å² / R_merge F obs: 0.09 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.066 / Χ²: 1.015 / Net I/σ(I): 22.94 / Num. measured all: 755867 / Scaling rejects: 43

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.98-2.03	10.008	0.787	1.047	2.37	54356	5459	5431	1.104	99.5
2.03-2.09	10.318	0.567	0.844	3.09	55035	5335	5334	0.889	100
2.09-2.15	10.191	0.422	0.617	4	52371	5140	5139	0.65	100
2.15-2.21	9.677	0.339	0.467	5.12	48638	5027	5026	0.493	100
2.21-2.29	9.9	0.265	0.371	6.54	48092	4858	4858	0.391	100
2.29-2.37	10.624	0.201	0.296	8.19	50391	4743	4743	0.312	100
2.37-2.46	10.616	0.16	0.237	9.98	48154	4538	4536	0.249	100
2.46-2.56	10.565	0.121	0.183	12.64	46453	4398	4397	0.192	100
2.56-2.67	10.395	0.096	0.152	15.01	43461	4181	4181	0.16	100
2.67-2.8	9.986	0.072	0.114	19.07	40043	4010	4010	0.12	100
2.8-2.95	9.789	0.056	0.087	24.07	37560	3837	3837	0.092	100
2.95-3.13	10.659	0.038	0.067	31.58	38853	3646	3645	0.071	100
3.13-3.35	10.662	0.03	0.053	39.29	36175	3393	3393	0.056	100
3.35-3.61	10.399	0.02	0.041	49.82	33224	3196	3195	0.044	100
3.61-3.96	9.941	0.017	0.035	56.32	29048	2924	2922	0.037	99.9
3.96-4.43	9.294	0.014	0.029	62.65	24628	2648	2650	0.031	100
4.43-5.11	10.534	0.011	0.027	72.41	24775	2352	2352	0.028	100
5.11-6.26	10.375	0.012	0.027	67.08	20844	2009	2009	0.029	100
6.26-8.85	9.464	0.012	0.024	68.18	14669	1551	1550	0.025	99.9
8.85-45.77	10.361	0.008	0.019	81.75	9097	886	878	0.02	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
BUSTER	2.11.7	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DRT

5drt

解像度: 1.98→45.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.118 / SU R_free Blow DPI: 0.11 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.109

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	3704	5 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.179	74074	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 224.08 Å² / B_iso mean: 51.79 Å² / B_iso min: 23.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.5458 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.5458 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.0916 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.98→45.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5131	0	64	428	5623
B_iso mean	-	-	38.4	55.16	-
残基数	-	-	-	-	642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1789	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	899	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	5335	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	682	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	6333	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	5335	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	7258	HARMONIC	2	0.93
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.97
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.41

LS精密化シェル

解像度: 1.98→1.99 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2512	74	4.99 %
R_work	0.2476	1408	-
all	0.2478	1482	-
obs	-	-	97.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2879	-1.0323	0.3659	2.4214	-0.2007	0.7469	-0.033	-0.2857	-0.0133	0.3211	0.0568	-0.5309	-0.0756	0.1147	-0.0238	-0.1709	-0.0061	-0.0559	-0.1139	0.0077	-0.0848	44.0193	-8.0622	8.5926
2	2.521	-0.4267	-0.4856	1.5017	0.1018	0.4958	-0.0231	-0.0892	-0.3836	0.0983	-0.0709	-0.259	0.2224	0.0481	0.094	-0.1145	0.048	-0.0249	-0.1575	0.0445	-0.0503	35.7395	-37.068	8.4055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* L\|* }	A	5 - 332
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* L\|* }	L	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* M\|* }	B	4 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* M\|* }	M	1

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関連情報:EMDBヘッダ

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