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万見
- PDB-6tcy: X-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tcy
タイトルX-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 in complex with a inhibitor SS555
要素Histone deacetylase 6
キーワードHYDROLASE / PROTEIN DEACETYLASE / HISTONE DEACETYLASE 6 / ZINC-BINDING / ISOXAZOLE-2 3-HYDROXAMATE ANALOGUES
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression / angiogenesis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-METHOXYETHANOL / Chem-N28 / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Histone deacetylase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Stransky, J. / Barinka, C.
資金援助 チェコ, 4件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-19640S チェコ
Czech Academy of Sciences86652036 チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0109 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015043 チェコ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Rational Design of Suprastat: A Novel Selective Histone Deacetylase 6 Inhibitor with the Ability to Potentiate Immunotherapy in Melanoma Models.
著者: Noonepalle, S. / Shen, S. / Ptacek, J. / Tavares, M.T. / Zhang, G. / Stransky, J. / Pavlicek, J. / Ferreira, G.M. / Hadley, M. / Pelaez, G. / Barinka, C. / Kozikowski, A.P. / Villagra, A.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Histone deacetylase 6
BBB: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,73922
ポリマ－79,7982
非ポリマー1,94120
水13,655758
1
AAA: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,03113
ポリマ－39,8991
非ポリマー1,13212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7089
ポリマ－39,8991
非ポリマー8088
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.809, 83.811, 86.092
Angle α, β, γ (deg.)90, 97.971, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6


分子量: 39899.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues at the sequence begining are not visible in the maps
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7

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非ポリマー , 10種, 778分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-N28 / 4-[[[4-(aminomethyl)phenyl]carbamoyl-(4-oxidanylbutyl)amino]methyl]-~{N}-oxidanyl-benzamide


分子量: 386.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#10: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4336634 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.490314 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis Tris, 0,2 M KSCN, 16% PEG 3350 Protein stock buffer: 5% DMSO, 0.004M SS555, 0.05 M Hepes pH 7.5, 0.001M TCEP, 5% v/v glycerol, 0.1M KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月16日
放射モノクロメーター: Si111 DCM with sagital bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→85.26 Å / Num. obs: 100361 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 12.16 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.056 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5038 / CC1/2: 0.612 / Rpim(I) all: 0.693 / Rrim(I) all: 1.27 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5eek

5eek


解像度: 1.6→54.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): -3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 4983 5 %Random selection
Rwork0.191 ---
obs0.192 99303 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→54.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5580 0 117 758 6455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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