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- PDB-6tbh: Structure of a beta galactosidase with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tbh
タイトルStructure of a beta galactosidase with inhibitor
要素Beta-galactosidase, putative, bgl35A
キーワードHYDROLASE / beta galactosidase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF5597 / Domain of unknown function (DUF5597) / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-N0K / Beta-galactosidase, putative, bgl35A
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Offen, W. / Davies, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R001162/1 英国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: Mechanistic Insights into the Chaperoning of Human Lysosomal-Galactosidase Activity: Highly Functionalized Aminocyclopentanes and C -5a-Substituted Derivatives of 4- epi -Isofagomine.
著者: Weber, P. / Thonhofer, M. / Averill, S. / Davies, G.J. / Santana, A.G. / Muller, P. / Nasseri, S.A. / Offen, W.A. / Pabst, B.M. / Paschke, E. / Schalli, M. / Torvisco, A. / Tschernutter, M. / ...著者: Weber, P. / Thonhofer, M. / Averill, S. / Davies, G.J. / Santana, A.G. / Muller, P. / Nasseri, S.A. / Offen, W.A. / Pabst, B.M. / Paschke, E. / Schalli, M. / Torvisco, A. / Tschernutter, M. / Tysoe, C. / Windischhofer, W. / Withers, S.G. / Wolfsgruber, A. / Wrodnigg, T.M. / Stutz, A.E.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
B: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
C: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
D: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
E: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
F: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
G: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
H: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,82552
ポリマ－497,0168
非ポリマー4,80944
水71,6643978
1
A: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7587
ポリマ－62,1271
非ポリマー6316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6534
ポリマ－62,1271
非ポリマー5263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6996
ポリマ－62,1271
非ポリマー5725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7818
ポリマ－62,1271
非ポリマー6547
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6996
ポリマ－62,1271
非ポリマー5725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7818
ポリマ－62,1271
非ポリマー6547
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7587
ポリマ－62,1271
非ポリマー6316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6996
ポリマ－62,1271
非ポリマー5725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.103, 115.386, 115.723
Angle α, β, γ (deg.)90.210, 89.990, 89.850
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta-galactosidase, putative, bgl35A


分子量: 62127.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Beta-galactosidase without predicted signal sequence and with N-terminal his tag
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア)
遺伝子: bgl35A, CJA_2707 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: B3PBE0, beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-N0K / 5-[ethyl(methyl)amino]-~{N}-[6-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{R})-2-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)cyclopentyl]amino]hexyl]naphthalene-1-sulfonamide


分子量: 479.633 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H37N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→82 Å / Num. obs: 789757 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 38411 / CC1/2: 0.604

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D1I

4d1i


解像度: 1.5→81.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 3.274 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY THE (DIMETHYLAMINO)NAPHTHALENE GROUPS OF THE LIGAND HAVE NOT BEEN MODELLED AS THERE IS INSUFFICIENT DENSITY. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY THE (DIMETHYLAMINO)NAPHTHALENE GROUPS OF THE LIGAND HAVE NOT BEEN MODELLED AS THERE IS INSUFFICIENT DENSITY. IN SOME OF THE MOLECULES THE LOOPS BETWEEN THR432 AND GLU449 HAVE BEEN MODELLED AT REDUCED OCCUPANCY OR WITH CHAIN BREAKS WHERE RESIDUES COULD NOT BE PLACED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1822 39666 5 %RANDOM
Rwork0.1311 ---
obs0.1337 749920 96.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.65 Å2 / Biso mean: 22.626 Å2 / Biso min: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20.49 Å2-0.68 Å2
2--0.04 Å2-0.47 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→81.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33712 0 216 3978 37906
Biso mean--24.25 33.06 -
残基数----4289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01335528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01731931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.961.65148516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.621.58374134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.07454436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.30622.8441885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.441155553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.60815203
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.24470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0240551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027618
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.137367459
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 2859 -
Rwork0.24 54540 -
all-57399 -
obs--94.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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