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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tb7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ADP-binding domain of the NAD+ riboswitch with Adenosine monophosphate (AMP) | ||||||
![]() | RNA | ||||||
![]() | RNA / RNA structure / tRNA-mimicking / X-ray crystallography | ||||||
機能・相同性 | ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BROMIDE ION / : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, L. / Lilley, D.M.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and ligand binding of the ADP-binding domain of the NAD + riboswitch. 著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 16785.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() 参照: GenBank: 94549081 |
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-非ポリマー , 5種, 30分子 ![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-AMP / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-BR / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.5 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Potassium Chloride, 0.1 M Mg Acetate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 7.0, 10% w/v Polyethylene Glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9186 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.53→47.6 Å / Num. obs: 20563 / % possible obs: 98.36 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 71.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 20.06 |
反射 シェル | 解像度: 2.53→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 540 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.99 / % possible all: 97.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.53→47.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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