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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6taq | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the dArc2 capsid | ||||||||||||
要素 | Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2 | ||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / dArc / Gag / Virus / VLP | ||||||||||||
機能・相同性 | Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / virus-like capsid / extracellular vesicle / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding / membrane / Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Erlendsson, S. / Morado, D.R. / Shepherd, J.D. / Briggs, J.A.G. | ||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 米国, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Neurosci / 年: 2020 タイトル: Structures of virus-like capsids formed by the Drosophila neuronal Arc proteins. 著者: Simon Erlendsson / Dustin R Morado / Harrison B Cullen / Cedric Feschotte / Jason D Shepherd / John A G Briggs / 要旨: Arc, a neuronal gene that is critical for synaptic plasticity, originated through the domestication of retrotransposon Gag genes and mediates intercellular messenger RNA transfer. We report high- ...Arc, a neuronal gene that is critical for synaptic plasticity, originated through the domestication of retrotransposon Gag genes and mediates intercellular messenger RNA transfer. We report high-resolution structures of retrovirus-like capsids formed by Drosophila dArc1 and dArc2 that have surface spikes and putative internal RNA-binding domains. These data demonstrate that virus-like capsid-forming properties of Arc are evolutionarily conserved and provide a structural basis for understanding their function in intercellular communication. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6taq.cif.gz | 128.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6taq.ent.gz | 102.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6taq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6taq_validation.pdf.gz | 915.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6taq_full_validation.pdf.gz | 925.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6taq_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6taq_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/6taq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/6taq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22656.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Arc2, CG13941 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7JV70 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: dArc2 Capsids / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: pGEX 4T1 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: dArc2 capsids are prepared from purified protein. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 75 / 利用したフレーム数/画像: 1-75 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3573 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1779 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6GSE Accession code: 6GSE / Source name: PDB / タイプ: experimental model |