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万見
- PDB-6taa: STRUCTURE AND MOLECULAR MODEL REFINEMENT OF ASPERGILLUS ORYZAE (T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6taa
タイトルSTRUCTURE AND MOLECULAR MODEL REFINEMENT OF ASPERGILLUS ORYZAE (TAKA) ALPHA-AMYLASE: AN APPLICATION OF THE SIMULATED-ANNEALING METHOD
要素ALPHA-AMYLASE
キーワードHYDROLASE(O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall-bounded periplasmic space / hyphal septin band / spitzenkorper / fungal-type cell wall / alpha-amylase / cell septum / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases ...Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase A type-1/2 / Alpha-amylase A type-3
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Swift, H.J. / Brady, L. / Derewenda, Z.S. / Dodson, E.J. / Turkenburg, J.P. / Wilkinson, A.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991
タイトル: Structure and molecular model refinement of Aspergillus oryzae (TAKA) alpha-amylase: an application of the simulated-annealing method.
著者: Swift, H.J. / Brady, L. / Derewenda, Z.S. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Turkenburg, J.P. / Wilkinson, A.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Calcium Binding in Alpha-Amylases: An X-Ray Diffraction Study at 2.1 Angstroms Resolution of Two Enzymes from Aspergillus
著者: Boel, E. / Brady, L. / Brzozowski, A.M. / Derewenda, Z. / Dodson, G.G. / Jensen, V.J. / Petersen, S.B. / Swift, H. / Thim, L. / Woldike, H.F.
履歴
登録1992年8月21日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-AMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6063
ポリマ－52,5261
非ポリマー802
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.040, 67.183, 133.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES 139 AND 341 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-AMYLASE


分子量: 52525.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: P10529, UniProt: P0C1B3*PLUS, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
32 mM1dropCaCl2
48 %(w/v)PEG80001drop
516 %PEG80001resrvoir
650 mMsodium acetate1reservoir
72 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 23794 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Num. measured all: 66210

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→7.7 Å / σ(F): 0
詳細: SIDE CHAINS OF RESIDUES ALA 1, ASP 5, AND LYS 36 ARE NOT CLEARLY VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS, AND ATOMS HAVE BEEN INCLUDED WITH OCCUPANCY ZERO, GIVING RISE TO NON-IDEAL INTERMOLECULAR ...詳細: SIDE CHAINS OF RESIDUES ALA 1, ASP 5, AND LYS 36 ARE NOT CLEARLY VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS, AND ATOMS HAVE BEEN INCLUDED WITH OCCUPANCY ZERO, GIVING RISE TO NON-IDEAL INTERMOLECULAR DISTANCES AFTER REFINEMENT.
Rfactor反射数
obs0.198 23482
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→7.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3686 0 2 239 3927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0630.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.080.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0091
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6021.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.9431.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.7032
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1610.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.220.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2680.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.250.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.91220
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.90920
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor35.7520
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 7.7 Å / Num. reflection all: 23482 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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