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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t9y | ||||||
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タイトル | CARBOXYPEPTIDASE T WITH N-SULFAMOYL-L-LYSIN | ||||||
![]() | Carboxypeptidase T | ||||||
![]() | HYDROLASE / carboxypeptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: CARBOXYPEPTIDASE T WITH N-SULFAMOYL-L-LYSIN 著者: Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3qnvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36641.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cpt / 発現宿主: ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-7B0 / ( | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.05 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: counter-diffusion / 詳細: SA 1.4 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→30 Å / Num. obs: 58676 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.88 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 5.9161 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique obs: 8429 / Rrim(I) all: 0.401 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3QNV 解像度: 1.92→28.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.555 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.65 Å2 / Biso mean: 13.621 Å2 / Biso min: 2.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.92→28.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0
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