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- PDB-6t9d: Crystal structure of a bispecific DutaFab in complex with human V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9d
タイトルCrystal structure of a bispecific DutaFab in complex with human VEGF121
要素
  • VP mat DutaFab VH chain
  • VP mat DutaFab VL chain
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / bispecific antibody / Fab fragment / VEGF
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / VEGF ligand-receptor interactions / vascular endothelial growth factor receptor binding / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood-brain barrier permeability / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / eye photoreceptor cell development / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of epithelial tube formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / motor neuron migration / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of protein localization to early endosome / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / camera-type eye morphogenesis / tube formation / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation / positive regulation of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / endothelial cell proliferation / positive regulation of leukocyte migration / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / artery morphogenesis / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in blood vessel morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / positive chemotaxis / positive regulation of neuroblast proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of focal adhesion assembly / outflow tract morphogenesis / monocyte differentiation / positive regulation of cell division / fibronectin binding / macrophage differentiation / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / mammary gland alveolus development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / positive regulation of protein autophosphorylation / epithelial cell differentiation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.905 Å
データ登録者Kimbung, R. / Logan, D.T. / Beckmann, R. / Jensen, K. / Speck, J. / Fenn, S. / Kettenberger, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: DutaFabs are engineered therapeutic Fab fragments that can bind two targets simultaneously.
著者: Beckmann, R. / Jensen, K. / Fenn, S. / Speck, J. / Krause, K. / Meier, A. / Roth, M. / Fauser, S. / Kimbung, R. / Logan, D.T. / Steegmaier, M. / Kettenberger, H.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: VP mat DutaFab VH chain
BBB: VP mat DutaFab VL chain
CCC: Vascular endothelial growth factor A
DDD: Vascular endothelial growth factor A
HHH: VP mat DutaFab VH chain
LLL: VP mat DutaFab VL chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8016
ポリマ－122,8016
非ポリマー00
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14340 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area44690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.080, 107.875, 87.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains A H
22Chains B L
33Chains C D

NCSアンサンブル:
ID
3
1
2

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要素

#1: 抗体 VP mat DutaFab VH chain


分子量: 23502.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VH region of DutaFab bispecific mAb / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 VP mat DutaFab VL chain


分子量: 23820.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VL region of DutaFab bispecific FAb / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 14078.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGFA, VEGF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 % / 解説: Needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: VEGFA-121 from Peprotech, catalogue number 100-20A, was mixed at a 1:1 molar ratio to VEGF monomer. The complex was concentrated to 11 mg/ml. Crystallization involved hanging drop vapour ...詳細: VEGFA-121 from Peprotech, catalogue number 100-20A, was mixed at a 1:1 molar ratio to VEGF monomer. The complex was concentrated to 11 mg/ml. Crystallization involved hanging drop vapour diffusion against 0.1 M MES pH 6.5 and 1.6 M magnesium sulphate. Crystals grew in about 120 days and were frozen in liquid nitrogen with 20 % glycerol as cryoprotectant.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月11日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 28318 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.842 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4494 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BJ1, 1JPS

1bj1

1jps


解像度: 2.905→29.294 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.808 / SU B: 24.612 / SU ML: 0.432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.461 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 1416 5.001 %
Rwork0.2124 --
all0.216 --
obs-28317 98.879 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.396 Å20 Å2-0.886 Å2
2--0.703 Å20 Å2
3---0.843 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.905→29.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8047 0 0 213 8260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138295
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.64711276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1691.57317124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg21.6285.461077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36823.047384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.883151313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5181533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21408
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.26705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.23685
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.23895
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3270.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0430.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3723.7524137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3723.7524136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9255.6185160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9255.6185161
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1923.8924158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1923.8934159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6155.7486114
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6155.7496115
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.61241.2698635
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.6141.3088623
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0810.056162
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0680.056477
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0860.052599
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.905-2.980.3921000.37618980.37720650.5290.56896.75540.366
2.98-3.0610.3911020.31919410.32320510.7010.73699.60990.304
3.061-3.1480.337990.29818780.319870.720.76899.49670.27
3.148-3.2440.375960.26118290.26719290.770.80899.79260.233
3.244-3.3490.299920.25717580.25918580.8230.8399.56940.229
3.349-3.4650.299900.23717120.2418070.8510.87199.72330.208
3.465-3.5940.285870.2216390.22417360.8910.89699.4240.195
3.594-3.7380.289820.2215720.22416620.850.89199.51870.196
3.738-3.9020.319820.21515560.22116490.8490.89799.33290.19
3.902-4.0890.24770.19214490.19515350.8940.91699.41370.166
4.089-4.3050.272730.17613970.1814790.8950.93399.39150.157
4.305-4.560.227680.15412980.15713760.9260.94499.27330.138
4.56-4.8670.225660.14312420.14713160.9280.9599.39210.128
4.867-5.2440.2610.14611580.14812290.9480.95699.18630.13
5.244-5.7270.267560.17610700.18111410.9150.94198.68540.153
5.727-6.3720.212520.2259790.22410460.9160.90298.5660.197
6.372-7.3010.252450.1788560.1829150.9060.93398.46990.153
7.301-8.8060.229390.1387410.1437950.9450.95798.11320.123
8.806-11.9260.202300.1535780.1556230.9420.96297.59230.146
11.926-29.2940.447190.2973500.3034070.7940.88490.66340.284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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