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- PDB-6t6l: Mopeia Virus Exonuclease domain complexed soak with Alendronate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t6l
タイトルMopeia Virus Exonuclease domain complexed soak with Alendronate
要素Nucleoprotein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / 3-5 Exonuclease / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mopeia mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.757 Å
データ登録者Nguyen, T.H.V. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Inhibition of Arenaviridae nucleoprotein exonuclease by bisphosphonate
著者: Nguyen, T.H.V. / Yekwa, E. / Selisko, B. / Canard, B. / Alvarez, K. / Ferron, F.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0509
ポリマ－70,6893
非ポリマー3616
水14,214789
1
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6833
ポリマ－23,5631
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6833
ポリマ－23,5631
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6833
ポリマ－23,5631
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.211, 111.337, 49.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-949-

HOH

21B-867-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))
21(chain B and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))
31(chain C and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILE(chain A and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))AA369 - 4805 - 116
12LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))AA482 - 516118 - 152
13LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))AA518 - 570154 - 206
21SERSERILEILE(chain B and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))BB369 - 4805 - 116
22LEULEUGLNGLN(chain B and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))BB482 - 516118 - 152
23LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))BB518 - 570154 - 206
31SERSERILEILE(chain C and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))CC369 - 4805 - 116
32LEULEUGLNGLN(chain C and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))CC482 - 516118 - 152
33LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 369 through 480 or resid 482 through 516 or resid 518 through 570))CC518 - 570154 - 206

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 23563.014 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mopeia mammarenavirus (ウイルス) / 遺伝子: NP, N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5S581, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES 25-27 % PEG 8000 / PH範囲: 6.7-7

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日 / 詳細: Silicon sensor
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.757→64.58 Å / Num. obs: 67897 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.76-1.853.60.4563596799380.8620.2790.5372.698.8
5.56-64.583.50.05740421290.9950.0310.05920.395.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å64.58 Å
Translation2.6 Å64.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SX8

6sx8


解像度: 1.757→47.654 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 3470 5.11 %
Rwork0.1914 --
obs0.193 67877 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.17 Å2 / Biso mean: 29.2184 Å2 / Biso min: 11.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.757→47.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4877 0 6 789 5672
Biso mean--20.22 37.11 -
残基数----617
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1812X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
12B1812X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
13C1812X-RAY DIFFRACTION8.29TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.757-1.78080.27351190.2405256999
1.7808-1.80620.26611270.238260299
1.8062-1.83320.28471530.23256899
1.8332-1.86180.24671540.2333254498
1.8618-1.89230.29051290.2301260298
1.8923-1.9250.31231300.2232257899
1.925-1.960.23271410.2194259699
1.96-1.99770.27281360.2174255098
1.9977-2.03850.24451400.2176253596
2.0385-2.08280.24621520.2165250098
2.0828-2.13120.24131530.2112260799
2.1312-2.18450.28191410.2126258399
2.1845-2.24360.26961360.2037261599
2.2436-2.30960.251500.1993257099
2.3096-2.38420.24161340.2023257999
2.3842-2.46940.23921430.2016262099
2.4694-2.56820.25261520.1956252998
2.5682-2.68510.22391280.2025253996
2.6851-2.82660.24051440.1972258899
2.8266-3.00370.22961240.202260899
3.0037-3.23560.18841390.1817259599
3.2356-3.56110.19511380.1747258998
3.5611-4.07620.17461370.162255297
4.0762-5.13460.17211710.1523259699
5.1346-47.6540.2415990.1875259395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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