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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t5m | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of 2-methylisocitrate lyase (PrpB) from Pseudomonas aeruginosa in complex with Mg(II)-pyruvate. | |||||||||
要素 | 2-methylisocitrate lyase | |||||||||
キーワード | LYASE / 2-methlyisocitrate lyase / PrpB / Propionate metabolism | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylisocitrate lyase / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Wijaya, A.J. / Brear, P. / Dolan, S.K. / Welch, M. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of 2-methylisocitrate lyase (PrpB) from Pseudomonas aeruginosa in complex with Mg(II)-pyruvate. 著者: Wijaya, A.J. / Brear, P. / Dolan, S.K. / Welch, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t5m.cif.gz | 226.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t5m.ent.gz | 180.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t5m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6t5m_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6t5m_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6t5m_validation.xml.gz | 43.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6t5m_validation.cif.gz | 62.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6t4vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32173.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: prpB, PA0796 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5E2, methylisocitrate lyase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-PYR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: PrpB 13-15 mg/ml with 5 mM DTT 0.1 M TRIS 8.5 pH (Buffer) 20-30 %w/v PEG4K (Precipitant) 0.1-0.25 M LiSO4 (Salt) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.76→63.74 Å / Num. obs: 97480 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 27.84 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 234810 / Scaling rejects: 58 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6T4V 解像度: 1.76→42.493 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.09
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.06 Å2 / Biso mean: 32.4167 Å2 / Biso min: 13.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→42.493 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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