PDB-6t55: Thrombin in Complex with Methylbenzylamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t55

タイトル

Thrombin in Complex with Methylbenzylamine

要素

(Prothrombin) x 2
Hirudin variant-2

キーワード

HYDROLASE / COAGULATION / BLOOD CLOTTING / CONVERTION OF FIBRINOGEN TO FIBRIN / SERINE PROTEASE / PROTEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Hirudo medicinalis (医用ビル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Ngo, K. / Abazi, N. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thrombin in Complex with Methylbenzylamine
著者: Ngo, K. / Abazi, N. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6t55.ent.gz	156 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6t55_validation.pdf.gz	569.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t55_full_validation.pdf.gz	569.9 KB	表示
XML形式データ	6t55_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t55	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ue7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ufd-d 6t56-d 5afy-d 5lce-d 6fjt-d 6t52-d 3rmn-d 3rmo-d 6yn3-d 1nt1-d 4e7r-2 6yqv-d 4ue7-d 3utu-d 3sha-d 6t8a-d 3p17-d 6ymp-d 1k21-d 3f68-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#25 - 2002年1月
トロンビン (Thrombin)
類似性 (33)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (29)
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組織因子 (Tissue Factor)
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類似性 (1)
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インテグリン (Integrin)
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#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)

登録構造単位

L: Prothrombin

H: Prothrombin

I: Hirudin variant-2

ヘテロ分子

35.9 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.271, 71.336, 72.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.175, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-75- ARG

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 LI

#1: タンパク質・ペプチド	Prothrombin / Coagulation factor II 分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質・ペプチド	Hirudin variant-2 分子量: 1491.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P09945

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 H

#2: タンパク質

Prothrombin / Coagulation factor II

分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin

#8: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 251分子

#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-02N / 1-(4-methylphenyl)methanamine / 4-メチルベンジルアミン分子量: 121.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM NaH2PO4, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→49.66 Å / Num. obs: 68518 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.86 % / B_iso Wilson estimate: 16.55 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.043 / R_sym value: 0.035 / Net I/σ(I): 14.92
反射シェル	解像度: 1.39→1.48 Å / 冗長度: 2.73 % / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 10990 / CC_1/2: 0.815 / R_rim(I) all: 0.613 / R_sym value: 0.501 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UE7

4ue7

解像度: 1.39→49.66 Å / SU ML: 0.1316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.7894

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1721	3425	5 %
R_work	0.1538	-	-
obs	0.1547	68508	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39→49.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2309	0	36	246	2591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	2508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0228	3407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0839	354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.0961	960

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.39-1.41	0.3099	139	0.303	2638	X-RAY DIFFRACTION	96.69
1.41-1.43	0.2693	141	0.2783	2682	X-RAY DIFFRACTION	96.28
1.43-1.46	0.289	141	0.2656	2693	X-RAY DIFFRACTION	97.79
1.46-1.48	0.2671	144	0.2437	2724	X-RAY DIFFRACTION	98.39
1.48-1.51	0.2441	143	0.2332	2726	X-RAY DIFFRACTION	98.46
1.51-1.53	0.2036	143	0.2089	2714	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.53-1.56	0.1916	145	0.1852	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.17
1.56-1.6	0.2041	140	0.1827	2663	X-RAY DIFFRACTION	98.21
1.6-1.63	0.1859	144	0.1737	2734	X-RAY DIFFRACTION	98.33
1.63-1.67	0.1775	144	0.1655	2725	X-RAY DIFFRACTION	97.72
1.67-1.71	0.2339	138	0.1615	2621	X-RAY DIFFRACTION	95.97
1.71-1.76	0.1537	144	0.1533	2741	X-RAY DIFFRACTION	98.57
1.76-1.81	0.1567	143	0.1444	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.22
1.81-1.87	0.178	143	0.1461	2720	X-RAY DIFFRACTION	97.95
1.87-1.93	0.1683	145	0.1412	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.67
1.93-2.01	0.1656	143	0.1322	2722	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.01-2.1	0.1637	142	0.1359	2699	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.1-2.21	0.1483	140	0.129	2665	X-RAY DIFFRACTION	95.77
2.21-2.35	0.1516	144	0.1349	2722	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.35-2.53	0.1436	143	0.1359	2733	X-RAY DIFFRACTION	98.09
2.53-2.79	0.1689	145	0.1449	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.79-3.19	0.1617	141	0.1542	2684	X-RAY DIFFRACTION	96.02
3.19-4.02	0.1802	145	0.1407	2750	X-RAY DIFFRACTION	98.57
4.02-49.66	0.1567	145	0.1569	2755	X-RAY DIFFRACTION	96.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0709530824939	-0.0914281579503	0.0235169811222	0.105322618512	0.00964116636308	0.0146705060155	-0.0543647977562	0.0298519905047	0.206353945821	-0.104736705211	-0.0896417240775	-0.0464103819725	-0.313446496657	-0.114088423145	0.000534115791787	0.210485785557	0.027588863077	-0.00562874605504	0.157399675092	0.0112842932007	0.19391899315	62.6716137544	14.932371481	89.46798425
2	0.0419122592544	-0.0400037093575	0.0372571798689	0.055182774588	0.0064464471162	0.108664649146	0.111542838878	-0.0422725542603	0.0568313660134	-0.137584103443	-0.130424531323	0.150481271069	-0.142132973304	-0.148093977593	-0.000324286365209	0.186914957853	0.0604870003767	-0.0103488295237	0.205391110723	-0.0147177493301	0.22444604331	53.7560471668	11.9421849616	92.2527737274
3	0.0395254139713	0.0184156338649	0.0209344552953	0.0460022532038	-0.0480415832998	0.0506493185931	0.0122784585084	-0.125846688337	-0.0631084338036	0.105967468658	0.0693139657046	0.113279160558	0.060751220717	-0.26285404909	4.63021682356E-5	0.19963291502	0.0286328707178	0.0309499789156	0.219579125196	0.0118750144139	0.201752356033	56.7174896618	6.18289210039	104.116128509
4	1.11908071882	-0.33901124798	0.427627342992	0.492544153493	-0.3485348002	0.462994843895	0.255630122826	0.260752536851	-0.148282691439	-0.257164093555	-0.187861864772	0.0714701114589	0.184634442362	0.0292831518327	0.0372423814794	0.235754019527	0.058718505512	-0.023464874018	0.186998189905	-0.0287158780047	0.172100028139	67.4004530265	-0.668597170196	83.0981813739
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6	0.083844142094	-0.0535723578611	-0.00134101129806	0.689589499951	-0.140646573716	0.0704458496878	0.303667420252	0.370518228355	-0.106305308197	-0.518902099476	-0.199749028469	0.173285980566	0.388390684097	0.143353023511	-0.0554175064465	0.340085053526	0.135114257805	-0.0335873602458	0.316610457322	-0.0359892912668	0.150279922584	66.4239161883	0.639292556296	74.743838623
7	0.9190563922	-0.143304091586	0.256094043285	0.571016379416	0.428656379595	0.447746824049	0.0888677160526	0.211374315037	0.168146991024	-0.0746187330513	-0.111981408065	-0.232437029405	-0.0416839209856	0.181980542068	-0.00650744752672	0.158991837671	0.0494014525565	0.0349722066072	0.223152982905	0.0360692098432	0.184764551761	78.6198979781	2.8300283493	86.9805429841
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11	0.940196902512	-0.444335105173	0.209855478865	0.379432122043	-0.116585909155	0.887160366353	0.0498780948064	-0.0800913412097	-0.14199280731	0.00807707010494	0.0140336570027	0.0815937123702	0.148505006021	-0.00716737716145	0.000152107107395	0.168325290141	0.00854037994192	-0.00245686991549	0.14040141026	0.00890616087117	0.168491739685	66.7258230754	-3.69045978761	98.8266599962
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13	0.253079920793	-0.304757767428	0.0131037355664	0.399578926115	0.00789064308003	0.0194646494858	0.289178964804	0.60379748365	-0.018817366666	-0.501903412986	-0.0897154618686	-0.0458027744167	0.0983374195041	0.0213320095254	0.188480181206	0.51988886967	0.144819847573	0.0248470642273	0.564678812806	-0.118325236054	0.175581319203	69.4864204247	-0.834748365276	67.9622880909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1C through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 8 through 14B)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 14C through 14L)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 16 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 51 through 60I)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 61 through 80 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 81 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 126 through 140 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 141 through 164 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 165 through 179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 180 through 231 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 232 through 245 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'I' and (resid 518 through 528 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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