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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t50 | ||||||||||||
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タイトル | ROR(gamma)t ligand binding domain in complex with 25-hydroxycholesterol and allosteric ligand Glenmark | ||||||||||||
![]() | Nuclear receptor ROR-gamma | ||||||||||||
![]() | GENE REGULATION / Nuclear Receptor / Allosteric / Inverse Agonist / Inhibitor | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | de Vries, R.M.J.M. / Meijer, F.A. / Brunsveld, L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cooperativity between the orthosteric and allosteric ligand binding sites of ROR gamma t. 著者: de Vries, R.M.J.M. / Meijer, F.A. / Doveston, R.G. / Leijten-van de Gevel, I.A. / Brunsveld, L. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6t4gC ![]() 6t4iC ![]() 6t4jC ![]() 6t4kC ![]() 6t4tC ![]() 6t4uC ![]() 6t4wC ![]() 6t4xC ![]() 6t4yC ![]() 6tlqC ![]() 6tltC ![]() 6salS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30514.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HC3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-MJE / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M MgCl2 + 6% PEG6K + 0.1M Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月15日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976254 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||
反射 | 解像度: 1.87→108.51 Å / Num. obs: 58851 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 35.8 | ||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6SAL 解像度: 1.87→93.812 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.73
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.59 Å2 / Biso mean: 54.8692 Å2 / Biso min: 30.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.87→93.812 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.1765 Å / Origin y: -39.883 Å / Origin z: -5.2231 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain A and resseq 267:507) |