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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t4i | ||||||||||||
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タイトル | ROR(gamma)t ligand binding domain in complex with cholesterol and allosteric ligand MRL871 | ||||||||||||
要素 | Nuclear receptor ROR-gamma | ||||||||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Nuclear Receptor (核内受容体) / Allosteric (アロステリック効果) / Inverse Agonist (受容体逆作動薬) / Inhibitor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||||||||
データ登録者 | de Vries, R.M.J.M. / Meijer, F.A. / Brunsveld, L. | ||||||||||||
資金援助 | オランダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Cooperativity between the orthosteric and allosteric ligand binding sites of ROR gamma t. 著者: de Vries, R.M.J.M. / Meijer, F.A. / Doveston, R.G. / Leijten-van de Gevel, I.A. / Brunsveld, L. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t4i.cif.gz | 125.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t4i.ent.gz | 96.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t4i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t4i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6t4gC 6t4jC 6t4kC 6t4tC 6t4uC 6t4wC 6t4xC 6t4yC 6t50C 6tlqC 6tltC 6salS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30514.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CLR / |
#3: 化合物 | ChemComp-4F1 / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2 + 6% PEG6K + 0.1M Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976254 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月15日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976254 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.84→93.48 Å / Num. obs: 60078 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 65.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.007 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 42.1 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6SAL 解像度: 1.84→48.23 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 149.79 Å2 / Biso mean: 52.298 Å2 / Biso min: 29.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.84→48.23 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.9968 Å / Origin y: -39.6647 Å / Origin z: -4.9842 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain A and resseq 267:507) |