PDB-6t3y: Improved High Resolution Structure of MHC Class II complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t3y

タイトル

Improved High Resolution Structure of MHC Class II complex

要素

MHC class II alpha chain
MHC class II beta chain 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MHC II / Immune Synapse

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / antigen processing and presentation / MHC class II protein complex / adaptive immune response / immune response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Halabi, S. / Moncrieffe, M.C. / Kaufman, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: The dominantly expressed class II molecule from a resistant MHC haplotype presents only a few Marek's disease virus peptides by using an unprecedented binding motif.
著者: Halabi, S. / Ghosh, M. / Stevanovic, S. / Rammensee, H.G. / Bertzbach, L.D. / Kaufer, B.B. / Moncrieffe, M.C. / Kaspers, B. / Hartle, S. / Kaufman, J.

履歴

登録	2019年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t3y.cif.gz	210.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t3y.ent.gz	137.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6t3y_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t3y_full_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示
XML形式データ	6t3y_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	6t3y_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t3y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4x5wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5icy-2 6mff-d 6atz-1 2o05-d 5y4q-1 3m6v-2 4i1u-d 2o0l-d 5euk-2 5fis-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (7) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (7) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (7)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (7)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)

登録構造単位

A: MHC class II alpha chain

B: MHC class II beta chain 2

ヘテロ分子

46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.153, 60.002, 51.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.750, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-336- HOH
2	1	A-447- HOH

#1: タンパク質	MHC class II alpha chain / MHC class II antigen alpha chain 分子量: 21033.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B-LA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q4U5Z6
#2: タンパク質	MHC class II beta chain 2 分子量: 24879.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: BLB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B5BSA0
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M Na Acetate 0.1 M TRIS 30 %w/v PEG 4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→26.85 Å / Num. obs: 294236 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 21.85 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 29547 / CC_1/2: 0.88 / R_pim(I) all: 0.31 / R_rim(I) all: 0.78 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17rc4_3626	精密化
PHENIX	1.17rc4_3626	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4x5w

4x5w

解像度: 1.7→26.85 Å / SU ML: 0.1669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7665

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	4990	10.1 %
R_work	0.1715	-	-
obs	0.1747	49389	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3027	0	22	317	3366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0127	3129
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1217	4253
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0759	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6887	420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3535	158	0.3083	1391	X-RAY DIFFRACTION	92.31
1.72-1.74	0.314	166	0.2747	1443	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.74-1.76	0.299	150	0.2635	1485	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.76-1.78	0.2743	152	0.2442	1473	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.78-1.8	0.2354	157	0.2411	1508	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.8-1.83	0.2628	180	0.2207	1438	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.83-1.85	0.2645	150	0.2264	1530	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.85-1.88	0.2379	173	0.2078	1454	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.88-1.91	0.2379	164	0.2037	1456	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.91-1.94	0.2327	177	0.1879	1476	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.94-1.98	0.2443	180	0.1861	1458	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.98-2.01	0.1746	201	0.172	1421	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.01-2.05	0.197	166	0.1712	1464	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.05-2.09	0.2204	184	0.1625	1469	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.09-2.14	0.1976	184	0.1622	1491	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.14-2.19	0.1943	167	0.1577	1463	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.19-2.24	0.1925	139	0.1601	1515	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.24-2.3	0.214	163	0.1658	1462	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.3-2.37	0.2324	169	0.1674	1491	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.37-2.45	0.2273	163	0.1777	1485	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.45-2.53	0.2188	148	0.1671	1503	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.53-2.63	0.204	146	0.1742	1504	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.63-2.75	0.2107	165	0.1681	1505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.9	0.1912	161	0.172	1489	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.9-3.08	0.2222	150	0.1721	1500	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.08-3.32	0.1814	157	0.1665	1517	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.32-3.65	0.1647	182	0.1499	1464	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.65-4.18	0.1624	164	0.1438	1512	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.18-5.26	0.1551	193	0.1413	1495	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.26-26.85	0.2448	181	0.1937	1537	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.17386371001	-0.413845592194	-0.309534968943	3.22222261007	-0.0806324234633	0.760185505721	-0.046895309927	0.0144535333856	0.104294738602	-0.022337166835	0.0677613223561	0.051523563608	-0.0266109272443	-0.0757855234945	-0.0829620598036	0.183616505467	-0.0165852315248	-0.00295672321754	0.272690819454	0.0191344757504	0.163462759967	14.4087667901	12.5203153229	-10.6063361061
2	2.01691283806	-0.815048045119	0.536710801657	0.918566124999	0.38064249777	1.87850461409	0.0648394220614	0.230609616547	0.0481209682292	-0.13308532267	-0.02862341176	-0.0354636623136	-0.0189627899929	0.413011296821	-0.0258032346	0.158973924903	-0.0105802058183	0.00758276897213	0.297505779852	0.0171787352902	0.165818862288	24.2673415594	2.80191234174	-13.4397366964
3	1.5926607502	-1.62304275811	-0.933643394179	1.9889493602	1.14284895898	0.849586497555	0.0110548506226	0.0628091899953	0.0607036172214	-0.0971699460282	0.0659982038292	0.00958251314624	-0.113834265626	0.00856809774601	-0.0227165002777	0.207094055069	0.000968148833434	-0.0201611267348	0.390785720952	0.0102803837178	0.216927330384	7.78152790947	15.4182994496	-19.7717916688
4	2.64793624095	0.0254977817805	0.531837440439	2.0214336805	-0.676336105667	1.67185834807	-0.114744690352	-0.383037121347	-0.00275162903992	0.182287592187	0.147240768142	0.0601767970872	-0.177279856569	-0.144066700541	-0.062425221302	0.225574300522	-0.0202908554369	-0.0250272339803	0.312458140517	-0.0670121541908	0.214316982047	22.8006045516	17.7689830515	2.31997515431
5	0.930465830312	0.63734299742	0.610289967145	0.571995852513	0.178143993675	0.758115950794	-0.1078594137	0.0750752654307	0.0221233064454	0.0412651647052	0.0961505684299	-0.126194853011	-0.0979173005703	0.118673814863	0.0146281666313	0.189283410477	-0.0242040750301	-0.00975390279706	0.329348280732	-0.0107363127143	0.235606201864	26.2696096284	16.6878152699	-1.03408522097
6	2.57065367258	0.636933249899	0.722995452851	1.01396819516	0.501743531683	1.0749256005	-0.0138484917722	-0.18824097406	0.0228835650134	0.0989582087718	0.0150004144739	-0.0454282937415	-0.0870516244626	0.243984683776	0.0329041182539	0.199359828634	-0.044376882806	-0.0277004482172	0.351052610205	-0.0173063327063	0.258829454574	35.3171803492	17.3047499098	3.35647485699
7	3.86011854601	-1.13256138411	1.70455117326	1.37944545978	-0.0293047080976	2.05742333765	-0.795884616601	-0.808398404936	0.89615007289	0.444034545034	0.127243082603	-0.401188322052	-0.478048366374	-0.46821248164	0.467209137602	0.291790635172	-0.0173156055921	-0.0519524108614	0.415903406666	-0.0654807921146	0.350055764922	29.8474596954	22.9484023431	6.30414822763
8	1.4178580189	-0.0133101580575	0.110303344104	1.49429364584	0.252873199616	1.01496105821	-0.0186010260697	-0.0251325916908	-0.0538102034581	0.138022142535	-0.103968979925	0.15531135526	0.0206210808819	-0.153349069216	0.0932509658472	0.167709248102	-0.00242473564152	0.00301873642029	0.302446328367	-0.00893312680362	0.172985563764	6.35153137189	5.5203123572	-10.5686779021
9	1.10808763123	-0.446766719767	0.183062714207	0.687311575648	0.000832162046349	0.867222499358	-0.0109149799089	-0.0842803442669	-0.06215011975	0.0514976875321	-0.0501556228148	0.0424373752549	0.0918210074725	-0.122658464217	0.0532640564596	0.207830707514	-0.0368503401569	0.0236960842855	0.339260290252	0.00633238032251	0.228563193303	8.2403048985	1.52755544265	-5.91580592672
10	0.813891062691	0.321168643611	0.667351580945	1.95325636844	-0.311993666172	2.66807309938	-0.0635434965287	-0.657745816586	-0.119538173555	0.608268434351	-0.0442165096999	-0.192154020404	0.229289750231	0.0423719170804	0.0646947459095	0.427574461147	0.0684770269316	-0.037187417131	0.647182404845	0.0662842160484	0.263218757579	29.0394318362	-2.41919954105	17.8767053977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 152 through 172 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 173 through 186 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 6 through 67 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 148 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 149 through 224 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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