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- PDB-6t2q: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t2q
タイトルProminent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown
要素Glycosyl hydrolase family 16
キーワードHYDROLASE / Human gut microbiota / mucin degradation / O-glycanases / GH16 / endo beta-galactosidase
機能・相同性Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / Glycosyl hydrolase family 16
機能・相同性情報
生物種Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Ubranowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. ...Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Ubranowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madubic, K. / Chater, P. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Spence, D.I.R. / Bolam, D.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M029018/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown.
著者: Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Stewart, C.J. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madunic, K. / Wuhrer, M. / ...著者: Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Stewart, C.J. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madunic, K. / Wuhrer, M. / Chater, P. / Pearson, J.P. / Glowacki, R. / Martens, E.C. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Spencer, D.I.R. / Bolam, D.N.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月26日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glycosyl hydrolase family 16
BBB: Glycosyl hydrolase family 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,93214
ポリマ－64,4992
非ポリマー1,43312
水1,78399
1
AAA: Glycosyl hydrolase family 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9436
ポリマ－32,2491
非ポリマー6945
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Glycosyl hydrolase family 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9898
ポリマ－32,2491
非ポリマー7407
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.918, 82.918, 121.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AAABBB

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 16


分子量: 32249.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア)
遺伝子: BACCAC_02680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5ZIF0
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1/a3-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 109分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 450 mM sodium malonate pH 7.0, 24 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.99 Å / Num. obs: 55261 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4092 / CC1/2: 0.472

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ILN

3iln


解像度: 2→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 8.042 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 2638 4.777 %
Rwork0.1867 --
all0.188 --
obs-55218 99.873 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.976 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.615 Å20 Å20 Å2
2---0.615 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3919 0 90 99 4108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134124
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.6665589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.291.6038561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5475483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43823.784222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07815670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2961516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.23432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21917
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21916
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1240.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2270.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.570.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4482.9391932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4482.9371931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1694.3972412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1684.3992413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8983.1862192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8983.1872193
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9374.6833176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9374.6843177
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.21733.734503
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.21333.6884497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.0520.2742170.2973872X-RAY DIFFRACTION99.9267
2.052-2.1080.3351910.2793781X-RAY DIFFRACTION100
2.108-2.1690.2852010.2543672X-RAY DIFFRACTION100
2.169-2.2360.2541630.2313591X-RAY DIFFRACTION100
2.236-2.3090.242080.2143433X-RAY DIFFRACTION99.9725
2.309-2.390.2161850.1973313X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.480.2421410.2043238X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.5810.2571630.2083148X-RAY DIFFRACTION100
2.581-2.6960.2531290.22969X-RAY DIFFRACTION99.9677
2.696-2.8280.2221540.2062855X-RAY DIFFRACTION100
2.828-2.980.2461430.2082713X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.1610.2041080.2052600X-RAY DIFFRACTION99.9631
3.161-3.3790.221030.1992421X-RAY DIFFRACTION100
3.379-3.6490.213840.1912296X-RAY DIFFRACTION100
3.649-3.9970.2041050.1752068X-RAY DIFFRACTION99.9081
3.997-4.4670.1621030.1371872X-RAY DIFFRACTION100
4.467-5.1550.147910.1321668X-RAY DIFFRACTION99.9432
5.155-6.3080.208700.1681401X-RAY DIFFRACTION100
6.308-8.8950.18490.1711105X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

S11: -0.0288 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6834-0.11790.28333.1773-0.33012.43030.01550.1043-0.21610.0007-0.0167-0.14060.06690.02810.1077-0.01270.01850.00870.02410.11419.265124.5188-15.0329
23.26320.6145-0.60621.3629-0.2282.0769-0.0502-0.10570.0673-0.0322-0.07930.21560.12290.0610.03510.0321-0.01170.0884-0.00980.077220.19156.340415.3602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA33 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2ALLBBB34 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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