PDB-6t2o: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t2o

タイトル

Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown

要素

Glycosyl hydrolase family 16

キーワード

HYDROLASE / Human gut microbiota / mucin degradation / O-glycanases / GH16 / endo beta-galactosidase

機能・相同性

Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / Glycosyl hydrolase family 16

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Ubranowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. ...

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown.
著者: Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Stewart, C.J. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madunic, K. / Wuhrer, M. / ...

履歴

登録	2019年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t2o.cif.gz	200.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t2o.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t2o_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t2o_full_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示
XML形式データ	6t2o_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	6t2o_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t2nC 6t2pC 6t2qC 6t2rC 6t2sC 3ilnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t2p-1 5eyy-d 6t2q-1 2f3c-d 6t2s-2 4uc0-d 5ebt-3 1iqq-d 6t2s-1 5nwb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Glycosyl hydrolase family 16

BBB: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Glycosyl hydrolase family 16

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.646, 82.646, 121.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase family 16 分子量: 32250.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides caccae ATCC 43185 (バクテリア) 遺伝子: BACCAC_02680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5ZIF0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium malonate pH 7.0, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→82.65 Å / Num. obs: 51105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3974 / CC_1/2: 0.958

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ILN

3iln

解像度: 2.05→82.646 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 8.687 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2402	2613	5.12 %
R_work	0.1994	-	-
all	0.202	-	-
obs	-	51036	99.941 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.382 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.382 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.765 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→82.646 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3919	0	18	134	4071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.525	1.642	5480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.258	1.58	8431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.58	5	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.37	23.756	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.177	15	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.039	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.078	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.265	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.591	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.204	2.832	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.204	2.832	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.779	4.241	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.778	4.242	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.587	3	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.586	3	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.454	4.422	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.454	4.422	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.191	31.633	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.175	31.537	4407

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.302	187	0.293	3593	0.294	3787	0.813	0.788	99.8152	0.287
2.103-2.161	0.277	180	0.254	3480	0.255	3662	0.856	0.868	99.9454	0.246
2.161-2.224	0.267	170	0.241	3363	0.242	3535	0.879	0.887	99.9434	0.228
2.224-2.292	0.276	199	0.27	3278	0.27	3492	0.883	0.878	99.5704	0.257
2.292-2.367	0.284	170	0.219	3192	0.222	3362	0.898	0.917	100	0.206
2.367-2.45	0.283	171	0.216	3064	0.219	3236	0.898	0.923	99.9691	0.203
2.45-2.542	0.294	138	0.221	2999	0.224	3138	0.887	0.92	99.9681	0.209
2.542-2.646	0.281	178	0.215	2841	0.219	3019	0.904	0.925	100	0.207
2.646-2.764	0.231	153	0.214	2765	0.215	2919	0.916	0.922	99.9657	0.208
2.764-2.898	0.254	156	0.213	2595	0.216	2751	0.924	0.931	100	0.212
2.898-3.055	0.25	136	0.218	2506	0.219	2642	0.909	0.921	100	0.222
3.055-3.24	0.287	127	0.22	2361	0.223	2488	0.891	0.92	100	0.228
3.24-3.463	0.225	111	0.211	2248	0.212	2359	0.941	0.94	100	0.224
3.463-3.74	0.22	106	0.205	2085	0.206	2191	0.948	0.951	100	0.222
3.74-4.096	0.209	106	0.18	1901	0.182	2007	0.952	0.96	100	0.203
4.096-4.579	0.197	95	0.141	1734	0.144	1829	0.961	0.97	100	0.172
4.579-5.284	0.198	69	0.145	1541	0.147	1610	0.962	0.976	100	0.173
5.284-6.465	0.228	61	0.175	1307	0.177	1368	0.962	0.966	100	0.203
6.465-9.115	0.194	66	0.17	1000	0.171	1066	0.956	0.964	100	0.193
9.115-82.646	0.299	34	0.229	569	0.234	604	0.963	0.955	99.8344	0.254

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3843	0.5987	0.081	3.4338	0.5468	2.0476	-0.0297	0.0984	0.0455	-0.0104	-0.0484	0.1366	-0.0705	-0.1937	0.0782	0.0832	0.0399	0.0201	0.0428	0.0047	0.014	-35.038	-21.1533	0.3163
2	3.1189	-0.041	0.3492	1.4163	-0.0891	2.5605	-0.0036	-0.2224	0.0203	0.0167	-0.0051	-0.0812	-0.1223	0.1055	0.0086	0.016	-0.0052	-0.0229	0.0823	-0.0107	0.0536	-17.0618	-22.0676	30.9439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	34 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	33 - 401

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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