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- PDB-6t1d: Pleurotus Ostreatus Lectin (POL), compelx with melibiose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1d
タイトルPleurotus Ostreatus Lectin (POL), compelx with melibiose
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / POL / galactose / Carbohydrate-Binding Module (CBM)
機能・相同性metal ion binding / alpha-melibiose / Lectin
機能・相同性情報
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Destefanis, L. / Perduca, M. / Bovi, M. / Monaco, H.L. / Capaldi, S.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2020
タイトル: Structure and properties of the oyster mushroom (Pleurotus ostreatus) lectin.
著者: Perduca, M. / Destefanis, L. / Bovi, M. / Galliano, M. / Munari, F. / Assfalg, M. / Ferrari, F. / Monaco, H.L. / Capaldi, S.
履歴
登録2019年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lectin
B: Lectin
C: Lectin
D: Lectin
E: Lectin
F: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,92830
ポリマ－224,3396
非ポリマー4,58924
水5,008278
1
A: Lectin
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,30910
ポリマ－74,7802
非ポリマー1,5308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Lectin
D: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,30910
ポリマ－74,7802
非ポリマー1,5308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Lectin
F: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,30910
ポリマ－74,7802
非ポリマー1,5308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.605, 136.421, 110.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))
21(chain B and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))
31(chain C and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))
41(chain D and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))
51(chain E and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))
61(chain F and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSASNASN(chain A and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))AA36 - 7819 - 61
12THRTHRALAALA(chain A and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))AA80 - 37363 - 356
21CYSCYSASNASN(chain B and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))BB36 - 7819 - 61
22THRTHRALAALA(chain B and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))BB80 - 37363 - 356
31CYSCYSASNASN(chain C and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))CC36 - 7819 - 61
32THRTHRALAALA(chain C and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))CC80 - 37363 - 356
41CYSCYSASNASN(chain D and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))DD36 - 7819 - 61
42THRTHRALAALA(chain D and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))DD80 - 37363 - 356
51CYSCYSASNASN(chain E and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))EE36 - 7819 - 61
52THRTHRALAALA(chain E and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))EE80 - 37363 - 356
61CYSCYSASNASN(chain F and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))FF36 - 7819 - 61
62THRTHRALAALA(chain F and (resid 36 through 78 or resid 80 through 373))FF80 - 37363 - 356

-
要素

#1: タンパク質
Lectin / Lectin 1


分子量: 37389.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: E7E2M2
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose / alpha-melibiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-melibiose
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 K thiocyanate, 30% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→47.67 Å / Num. obs: 88942 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.34 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Num. unique obs: 4447 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.093-2.4073.60.821158800.4670.510.9681.765.5
7.172-101.7443.30.055144950.9960.0350.06515.899

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T0Q

6t0q


解像度: 2.2→29.948 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 4407 5.01 %
Rwork0.2118 83567 -
obs0.2145 87974 58.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.19 Å2 / Biso mean: 41.3375 Å2 / Biso min: 5.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.948 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15102 0 222 278 15602
Biso mean--59.73 32.48 -
残基数----2028
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9280X-RAY DIFFRACTION6.42TORSIONAL
12B9280X-RAY DIFFRACTION6.42TORSIONAL
13C9280X-RAY DIFFRACTION6.42TORSIONAL
14D9280X-RAY DIFFRACTION6.42TORSIONAL
15E9280X-RAY DIFFRACTION6.42TORSIONAL
16F9280X-RAY DIFFRACTION6.42TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2003-2.22530.3397140.27422656
2.2253-2.25140.3137210.30823067
2.2514-2.27890.4848190.30814058
2.2789-2.30770.3128310.313647510
2.3077-2.33810.4678380.311354312
2.3381-2.37010.4052200.287863613
2.3701-2.40390.3741340.314766214
2.4039-2.43980.367530.306974716
2.4398-2.47790.2955660.323492020
2.4779-2.51850.3863550.3291123726
2.5185-2.56190.3719900.3009153332
2.5619-2.60850.3357810.3194190839
2.6085-2.65860.3511110.3208230048
2.6586-2.71290.30131530.3069262555
2.7129-2.77180.32561490.3023291460
2.7718-2.83620.30411630.2971313866
2.8362-2.90710.32041890.2835331770
2.9071-2.98560.32821760.2703358075
2.9856-3.07340.32471860.2441392581
3.0734-3.17250.30892360.252424990
3.1725-3.28580.31552600.2396472699
3.2858-3.41710.3222400.2341480999
3.4171-3.57240.24912760.20274739100
3.5724-3.76040.25572650.19284743100
3.7604-3.99550.26492470.17784817100
3.9955-4.30320.21782470.16454768100
4.3032-4.73470.1922780.1569478399
4.7347-5.41630.20912920.1575473999
5.4163-6.81080.24542280.1834484099
6.8108-29.9480.21811890.1886491899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9598 Å / Origin y: 0.0959 Å / Origin z: 30.212 Å
111213212223313233
T0.2424 Å2-0.0026 Å2-0.0953 Å2-0.1373 Å2-0.0223 Å2--0.1906 Å2
L0.2715 °20.0819 °2-0.094 °2-0.4832 °2-0.0335 °2--0.1985 °2
S0.0028 Å °0.0765 Å °-0.1056 Å °-0.5025 Å °0.0457 Å °0.274 Å °-0.0509 Å °-0.0764 Å °-0.0057 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA36 - 373
2X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1allB36 - 373
4X-RAY DIFFRACTION1allB401 - 502
5X-RAY DIFFRACTION1allC36 - 373
6X-RAY DIFFRACTION1allC401 - 502
7X-RAY DIFFRACTION1allD36 - 373
8X-RAY DIFFRACTION1allD401 - 502
9X-RAY DIFFRACTION1allE36 - 373
10X-RAY DIFFRACTION1allE401 - 502
11X-RAY DIFFRACTION1allF36 - 373
12X-RAY DIFFRACTION1allF401 - 502
13X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 278

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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