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- PDB-6t0q: Pleurotus Ostreatus Lectin (POL), apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t0q
タイトルPleurotus Ostreatus Lectin (POL), apo form
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / POL / galactose / Carbohydrate-Binding Module (CBM)
機能・相同性metal ion binding / Lectin
機能・相同性情報
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Destefanis, L. / Perduca, M. / Bovi, M. / Monaco, H.L. / Capaldi, S.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2020
タイトル: Structure and properties of the oyster mushroom (Pleurotus ostreatus) lectin.
著者: Perduca, M. / Destefanis, L. / Bovi, M. / Galliano, M. / Munari, F. / Assfalg, M. / Ferrari, F. / Monaco, H.L. / Capaldi, S.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,78711
ポリマ－37,0471
非ポリマー1,74010
水5,008278
1
A: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,57422
ポリマ－74,0952
非ポリマー3,47920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area6880 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area27770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.070, 153.070, 145.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lectin / Lectin 1


分子量: 37047.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 参照: UniProt: E7E2M2

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 284分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes 0.1 M pH 7.5, 0.8 M K/Na tartrate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→132.562 Å / Num. all: 63266 / Num. obs: 63266 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.068 / Net I/av σ(I): 9.4 / Net I/σ(I): 25.9 / Num. measured all: 790176
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.1613.20.38211941790740.1070.3950.387.499.7
2.16-2.2912.60.3012.410829286160.0880.3140.3019.699.8
2.29-2.4511.60.19249360380640.0580.20.19212.199.7
2.45-2.6513.10.1425.49939376110.040.1470.14216.899.9
2.65-2.912.90.098.29001570000.0260.0940.0924.199.9
2.9-3.2411.80.0611.87468863510.0180.0630.0633.299.8
3.24-3.7413.20.044157475256670.0120.0460.04449.1100
3.74-4.5811.90.03716.85739748360.0110.0390.0375599.8
4.58-6.4812.50.03318.54765138040.010.0350.03357.4100
6.48-63.88211.10.0317.32496822430.010.0320.0354.199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.05→29.771 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1866 3208 5.08 %
Rwork0.1718 59991 -
obs0.1726 63199 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.97 Å2 / Biso mean: 29.8576 Å2 / Biso min: 14.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→29.771 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 110 278 2917
Biso mean--57.58 36.5 -
残基数----340
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.05-2.08060.22381460.1838254499
2.0806-2.11310.17451290.1703257499
2.1131-2.14780.22911530.16362538100
2.1478-2.18480.19291470.16342552100
2.1848-2.22450.17851430.16572586100
2.2245-2.26730.19151430.16432539100
2.2673-2.31360.17071470.16582564100
2.3136-2.36380.20021210.15932597100
2.3638-2.41880.20271260.169257399
2.4188-2.47930.18561120.172612100
2.4793-2.54630.22891360.17632598100
2.5463-2.62110.20251320.17552567100
2.6211-2.70570.19981420.18472605100
2.7057-2.80230.22121300.18112601100
2.8023-2.91440.18941430.19992602100
2.9144-3.0470.21791290.1972624100
3.047-3.20740.21631410.1906259899
3.2074-3.40810.18241560.19212614100
3.4081-3.67080.20161530.18022608100
3.6708-4.03940.16821340.16752669100
4.0394-4.62210.15911300.13782678100
4.6221-5.81620.13421600.14042698100
5.8162-29.7710.18941550.18312850100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.3492 Å / Origin y: 82.3767 Å / Origin z: 23.2827 Å
111213212223313233
T0.1215 Å20.0336 Å2-0.0171 Å2-0.1813 Å20.0157 Å2--0.1504 Å2
L0.405 °2-0.247 °2-0.0994 °2-0.5545 °20.0415 °2--0.4593 °2
S-0.0069 Å °-0.0785 Å °-0.0299 Å °0.0281 Å °0.0439 Å °0.0371 Å °0.0437 Å °0.1276 Å °0.0093 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA34 - 373
2X-RAY DIFFRACTION1allA400 - 603
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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