[日本語] English
万見
- PDB-6szj: RIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 5amino1tertbutyl3(3meth... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6szj
タイトルRIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 5amino1tertbutyl3(3methoxyphenyl)1H pyrazole4carboxamide.
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / Fragment Based Drug Design (FBDD) / Receptor interacting protein 2 kinase / RIPK2 / RIP2K / RIP2 / Structure based drug design (SBDD)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-18 / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / toll-like receptor 2 signaling pathway / caspase binding / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / CARD domain binding / positive regulation of xenophagy ...response to interleukin-18 / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / toll-like receptor 2 signaling pathway / caspase binding / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of T-helper 1 type immune response / CARD domain binding / positive regulation of xenophagy / xenophagy / LIM domain binding / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / JUN kinase kinase kinase activity / cellular response to peptidoglycan / response to interleukin-12 / activation of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor 4 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to lipoteichoic acid / canonical NF-kappaB signal transduction / signaling adaptor activity / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of interleukin-2 production / ERK1 and ERK2 cascade / response to interleukin-1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of protein ubiquitination / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of JNK cascade / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / protein homooligomerization / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / Interleukin-1 signaling / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / positive regulation of protein binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / vesicle / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / RIP2, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / : / Death-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M5W / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Convery, M.A. / Charnley, A.K. / Shewchuk, L.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Pyrazolocarboxamides as Potent and Selective Receptor Interacting Protein 2 (RIP2) Kinase Inhibitors.
著者: Haffner, C.D. / Charnley, A.K. / Aquino, C.J. / Casillas, L. / Convery, M.A. / Cox, J.A. / Elban, M.A. / Goodwin, N.C. / Gough, P.J. / Haile, P.A. / Hughes, T.V. / Knapp-Reed, B. / ...著者: Haffner, C.D. / Charnley, A.K. / Aquino, C.J. / Casillas, L. / Convery, M.A. / Cox, J.A. / Elban, M.A. / Goodwin, N.C. / Gough, P.J. / Haile, P.A. / Hughes, T.V. / Knapp-Reed, B. / Kreatsoulas, C. / Lakdawala, A.S. / Li, H. / Lian, Y. / Lipshutz, D. / Mehlmann, J.F. / Ouellette, M. / Romano, J. / Shewchuk, L. / Shu, A. / Votta, B.J. / Zhou, H. / Bertin, J. / Marquis, R.W.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9835
ポリマ－71,3662
非ポリマー6173
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)132.182, 132.182, 107.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2


分子量: 35682.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43353, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-M5W / 5-amino-1-~{tert}-butyl-3-(3-methoxyphenyl)pyrazole-4-carboxamide


分子量: 288.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM buffer (Mes or Hepes pH6.8-7.5), 12-28% PEG 400, 50-250mM CaCl2, 0-200mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→40 Å / Num. obs: 36439 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 18.45
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 1819 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.53→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.96 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2406 1452 4 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.191 34809 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.63 Å2 / Biso mean: 67.729 Å2 / Biso min: 29.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20.75 Å20 Å2
2--1.5 Å2-0 Å2
3----4.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4493 0 43 172 4708
Biso mean--52.28 57.24 -
残基数----562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9766357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1615557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.21823.462208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.02815763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.5361530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213584
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.595 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 102 -
Rwork0.296 2526 -
all-2628 -
obs--99.92 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る