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- PDB-6syo: Hydrogenase-2 variant R479K - As Isolated form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6syo
タイトルHydrogenase-2 variant R479K - As Isolated form
要素(Hydrogenase-2 ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / [NiFe]-hydrogenase / iron-sulphur clusters
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit ...: / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / NICKEL (II) ION / OXYGEN MOLECULE / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydrogenase-2 large chain / Hydrogenase-2 small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Carr, S.B. / Beaton, S.E. / Evans, R.M. / Armstrong, F.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hydrogen activation by NiFe-hydrogenases - consolidating the role of the pendant arginine.
著者: Beaton, S.E. / Evans, R.M. / Kertess, L. / Carr, S.B. / Armstrong, F.A.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
SSS: Hydrogenase-2 small chain
LLL: Hydrogenase-2 large chain
TTT: Hydrogenase-2 small chain
MMM: Hydrogenase-2 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,57123
ポリマ－189,8034
非ポリマー2,76819
水31,2921737
1
SSS: Hydrogenase-2 small chain
MMM: Hydrogenase-2 large chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,27911
ポリマ－94,9012
非ポリマー1,3789
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area32280 Å2
手法PISA
2
LLL: Hydrogenase-2 large chain
TTT: Hydrogenase-2 small chain
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 96.3 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,29212
ポリマ－94,9012
非ポリマー1,39110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area32220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.667, 101.210, 170.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Hydrogenase-2 ... , 2種, 4分子 SSSTTTLLLMMM

#1: タンパク質 Hydrogenase-2 small chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 small subunit / NiFe hydrogenase


分子量: 32371.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hybO, yghV, b2997, JW2965 / プラスミド: pOC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69741, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質 Hydrogenase-2 large chain / HYD2 / Membrane-bound hydrogenase 2 large subunit / NiFe hydrogenase


分子量: 62529.891 Da / 分子数: 2 / Mutation: R479K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Variant R479K
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hybC, b2994, JW2962 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACE0, hydrogenase (acceptor)

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非ポリマー , 9種, 1756分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 % / 解説: Rods
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis Tris pH 6.5, 200 mM MgCl2, 18-22% PEG 3350
PH範囲: 6.5-6.9 / Temp details: Ambient temperature in anaerobic glove box

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→86.8 Å / Num. obs: 477343 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 21628 / CC1/2: 0.553 / Rpim(I) all: 0.97 / Rrim(I) all: 1.92 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6en9

6en9


解像度: 1.25→85.559 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 1.241 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1361 23819 4.992 %
Rwork0.1139 --
all0.115 --
obs-477111 99.87 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.967 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.441 Å20 Å20 Å2
2--0.035 Å2-0 Å2
3----0.476 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→85.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12650 0 83 1737 14470
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01313204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1361.63618047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5621.56927790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.50651674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2923.25637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.687152090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6621557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0214857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022639
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1730.210198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.26003
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.090.24284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1440.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1220.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.070.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2650.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5491.3416603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5491.3416602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7062.0178263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7062.0168264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9091.5936601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9091.5936602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0962.2899709
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0962.2899710
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.94717.36214401
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.94717.36414402
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.138325135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.2820.22317670.21433069X-RAY DIFFRACTION99.3101
1.282-1.3180.2115700.19832601X-RAY DIFFRACTION99.8393
1.318-1.3560.18617330.17631481X-RAY DIFFRACTION99.8527
1.356-1.3980.17917070.16130620X-RAY DIFFRACTION99.8086
1.398-1.4430.17615250.14229756X-RAY DIFFRACTION99.8627
1.443-1.4940.1616110.12828704X-RAY DIFFRACTION99.9143
1.494-1.550.14413760.11127935X-RAY DIFFRACTION99.908
1.55-1.6140.13513870.09826765X-RAY DIFFRACTION99.8865
1.614-1.6850.12213670.08725731X-RAY DIFFRACTION99.9631
1.685-1.7680.11513250.08224579X-RAY DIFFRACTION99.9498
1.768-1.8630.1112270.0823418X-RAY DIFFRACTION99.9594
1.863-1.9760.11512040.08522148X-RAY DIFFRACTION99.9743
1.976-2.1120.12110920.09520902X-RAY DIFFRACTION99.9546
2.112-2.2820.129690.09519528X-RAY DIFFRACTION99.9805
2.282-2.4990.119320.0917951X-RAY DIFFRACTION99.9894
2.499-2.7940.1198770.09216285X-RAY DIFFRACTION99.9476
2.794-3.2260.1248050.10714374X-RAY DIFFRACTION99.9539
3.226-3.9490.1226040.11312295X-RAY DIFFRACTION99.9767
3.949-5.5790.1484660.1369631X-RAY DIFFRACTION99.9604
5.579-85.50.22750.1885520X-RAY DIFFRACTION99.931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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