+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sx4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of C. glutamicum mycoloyltransferase A | ||||||
要素 | Protein PS1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Mycoloyltransferase / Mycolic acid / cell wall | ||||||
機能・相同性 | LGFP / LGFP repeat / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold / extracellular region / ACETATE ION / Protein PS1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.796 Å | ||||||
データ登録者 | Li de la Sierra-Gallay, I. / Van tilbeurgh, H. / Bayan, N. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2020 タイトル: The C-terminal domain of Corynebacterium glutamicum mycoloyltransferase A is composed of five repeated motifs involved in cell wall binding and stability. 著者: Dietrich, C. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Masi, M. / Girard, E. / Dautin, N. / Constantinesco-Becker, F. / Tropis, M. / Daffe, M. / van Tilbeurgh, H. / Bayan, N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sx4.cif.gz | 798.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6sx4.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6sx4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sx4_validation.pdf.gz | 490.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6sx4_full_validation.pdf.gz | 533.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6sx4_validation.xml.gz | 84.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sx4_validation.cif.gz | 113.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/6sx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/6sx4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6swzC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67509.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: csp1, cop1, Cgl2875, cg3182 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C1D6 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Acetate, 0.05M Bis-Tris buffer, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月16日 |
放射 | モノクロメーター: silicon Si crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.796→48.6 Å / Num. obs: 128339 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.29 % / CC1/2: 0.989 / Rrim(I) all: 0.277 / Net I/σ(I): 5.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.796→2.96 Å / Num. unique obs: 20491 / CC1/2: 0.62 / Rrim(I) all: 1.69 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.796→48.572 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.4 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.744 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.796→48.572 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|