PDB-6swq: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH iBET-BD2 (GSK046)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6swq

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH iBET-BD2 (GSK046)

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Selective targeting of BD1 and BD2 of the BET proteins in cancer and immunoinflammation.
著者: Gilan, O. / Rioja, I. / Knezevic, K. / Bell, M.J. / Yeung, M.M. / Harker, N.R. / Lam, E.Y.N. / Chung, C.W. / Bamborough, P. / Petretich, M. / Urh, M. / Atkinson, S.J. / Bassil, A.K. / ...

履歴

登録	2019年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6swq.cif.gz	51.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6swq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6swq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6swq_validation.pdf.gz	695.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6swq_full_validation.pdf.gz	695.9 KB	表示
XML形式データ	6swq_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	6swq_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6swnC 6swoC 6swpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zyu-2 5ti5-d 4uyd-d 4cfl-d 5oww-3 6fnx-d 7a9u-d 6zf9-d 4z1s-2 6ps9-d 6prt-d 3u5l-d 5igk-d 6v0u-d 3svg-d 5ei4-d 5hq5-d 3jzz-d 4hbv-d 4bw1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.133, 44.059, 78.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-LW5 / 4-acetamido-3-fluoranyl-~{N}-(4-oxidanylcyclohexyl)-5-[(1~{S})-1-phenylethoxy]benzamide 分子量: 414.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇FN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25%w/v PEG1500, 0.1M SPG buffer, pH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→44.06 Å / Num. obs: 15277 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique obs: 1228 / CC_1/2: 0.701 / % possible all: 49.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.601→39.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.173 / WR_factor R_work: 0.147 / SU B: 1.91 / SU ML: 0.065 / Average fsc free: 0.9352 / Average fsc work: 0.9461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1841	786	5.145 %
R_work	0.1561	14491	-
all	0.158	-	-
obs	-	15277	86.433 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.406 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.014 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.298 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→39.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1062	0	42	247	1351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.149	1.663	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.182	1.61	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.94	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.435	24.576	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.31	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.793	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.903	1.776	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.883	1.768	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.52	3.976	669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.527	3.988	670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.375	2.047	655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.374	2.046	656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.296	4.441	943
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.295	4.444	944
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.701	18.873	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.699	18.867	1505

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.601-1.643	0.243	29	0.265	506	0.264	1288	0.854	0.854	41.5373	0.214
1.643-1.688	0.367	40	0.24	648	0.247	1251	0.809	0.874	54.996	0.191
1.688-1.736	0.281	48	0.216	830	0.22	1195	0.814	0.886	73.4728	0.167
1.736-1.79	0.205	46	0.205	1040	0.205	1186	0.9	0.892	91.5683	0.163
1.79-1.848	0.207	50	0.183	1012	0.184	1155	0.948	0.94	91.9481	0.14
1.848-1.913	0.198	67	0.158	980	0.161	1120	0.951	0.957	93.4821	0.126
1.913-1.985	0.204	50	0.161	934	0.163	1052	0.946	0.956	93.5361	0.138
1.985-2.066	0.188	47	0.16	931	0.162	1043	0.958	0.957	93.768	0.141
2.066-2.158	0.18	53	0.149	873	0.151	984	0.965	0.968	94.1057	0.135
2.158-2.263	0.189	45	0.124	858	0.127	953	0.955	0.971	94.7534	0.114
2.263-2.385	0.154	44	0.144	827	0.145	917	0.96	0.966	94.9836	0.134
2.385-2.529	0.15	42	0.142	788	0.143	869	0.971	0.969	95.5121	0.133
2.529-2.702	0.163	27	0.146	752	0.147	814	0.963	0.968	95.7002	0.143
2.702-2.918	0.208	42	0.144	695	0.147	766	0.948	0.966	96.2141	0.142
2.918-3.194	0.183	41	0.147	641	0.149	707	0.968	0.97	96.4639	0.15
3.194-3.569	0.118	31	0.133	591	0.132	640	0.977	0.979	97.1875	0.14
3.569-4.115	0.175	30	0.134	541	0.135	593	0.967	0.978	96.2901	0.149
4.115-5.026	0.141	26	0.14	450	0.14	485	0.979	0.973	98.1443	0.16
5.026-7.051	0.289	18	0.191	366	0.196	400	0.947	0.956	96	0.212
7.051-39.44	0.13	10	0.211	228	0.206	253	0.97	0.957	94.0711	0.254

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関連情報:EMDBヘッダ

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