PDB-6swn: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH iBET-BD1 (GSK778)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6swn

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH iBET-BD1 (GSK778)

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Selective targeting of BD1 and BD2 of the BET proteins in cancer and immunoinflammation.
著者: Gilan, O. / Rioja, I. / Knezevic, K. / Bell, M.J. / Yeung, M.M. / Harker, N.R. / Lam, E.Y.N. / Chung, C.W. / Bamborough, P. / Petretich, M. / Urh, M. / Atkinson, S.J. / Bassil, A.K. / ...

履歴

登録	2019年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6swn.cif.gz	53.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6swn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6swn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6swn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6swn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6swn_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6swoC 6swpC 6swqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ogi-1 6mh1-2 6z7g-d 6g0e-d 5hcl-d 5f63-d 5vom-1 5u2e-1 5d3p-d 4o76-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.280, 42.320, 90.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-LWB / 4-[2-(methoxymethyl)-1-[(1~{R})-1-phenylethyl]-8-[[(3~{S})-pyrrolidin-3-yl]methoxy]imidazo[4,5-c]quinolin-7-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole 分子量: 511.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₃N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M NaI, 0.1M BTP, 20C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07253 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07253 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→45.41 Å / Num. obs: 36156 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.0365 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.28→1.33 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.187 / Num. unique obs: 2233 / CC_1/2: 0.901 / % possible all: 60.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.28→38.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 0.886 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	1801	4.99 %
R_work	0.1926	-	-
all	0.194	-	-
obs	-	36093	93.033 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.298 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.055 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.353 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→38.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1043	0	51	270	1364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.138	1.669	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.159	1.653	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.416	5	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.712	24.5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.789	15	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.888	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.119	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.752	1.979	544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.752	1.972	543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.284	4.429	689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.283	4.442	690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.103	2.152	723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.102	2.151	724
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.805	4.74	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.804	4.74	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.088	19.606	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.546	17.906	1621

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.28-1.314	0.307	74	0.272	1492	0.273	2806	0.86	0.872	55.809	0.249
1.314-1.35	0.259	88	0.244	1950	0.244	2754	0.893	0.904	74.0015	0.222
1.35-1.389	0.268	118	0.238	2119	0.239	2689	0.912	0.906	83.1908	0.213
1.389-1.431	0.26	104	0.216	2298	0.218	2593	0.911	0.922	92.634	0.196
1.431-1.478	0.255	119	0.214	2388	0.216	2525	0.922	0.927	99.2871	0.194
1.478-1.53	0.223	123	0.21	2320	0.211	2449	0.933	0.938	99.755	0.199
1.53-1.588	0.246	116	0.209	2253	0.211	2373	0.921	0.933	99.8314	0.201
1.588-1.652	0.214	128	0.199	2135	0.2	2269	0.939	0.941	99.7356	0.193
1.652-1.726	0.267	132	0.201	2055	0.205	2192	0.915	0.94	99.7719	0.202
1.726-1.81	0.209	107	0.193	1974	0.194	2084	0.945	0.947	99.856	0.199
1.81-1.907	0.218	95	0.189	1929	0.191	2025	0.935	0.946	99.9506	0.201
1.907-2.023	0.194	86	0.19	1801	0.19	1905	0.954	0.953	99.0551	0.208
2.023-2.162	0.188	80	0.178	1682	0.179	1769	0.957	0.958	99.6043	0.203
2.162-2.335	0.209	71	0.172	1603	0.174	1677	0.953	0.961	99.8211	0.199
2.335-2.556	0.202	84	0.179	1467	0.18	1559	0.953	0.956	99.4869	0.213
2.556-2.857	0.235	71	0.188	1326	0.19	1402	0.933	0.948	99.6434	0.23
2.857-3.295	0.173	91	0.174	1163	0.174	1258	0.96	0.961	99.682	0.214
3.295-4.029	0.183	50	0.178	1024	0.178	1081	0.954	0.959	99.3524	0.216
4.029-5.666	0.195	44	0.187	813	0.187	861	0.952	0.955	99.5354	0.23
5.666-38.36	0.275	20	0.25	500	0.251	524	0.926	0.917	99.2366	0.288

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