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- PDB-6swj: The kinase domain of GanS, a histidine kinase from Geobacillus st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6swj
タイトルThe kinase domain of GanS, a histidine kinase from Geobacillus stearothermophilus (with Pt)
要素Histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Histidine kinase / Galactan utilization system / Geobacillus stearothermophilus / two component sensing system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, internal region / : / Histidine kinase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Signal transduction histidine kinase, internal region / : / Histidine kinase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Lansky, S. / Shiradski, M. / Lavid, N. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The kinase domain of GanS, a histidine kinase from Geobacillus stearothermophilus (with Pt)
著者: Lansky, S. / Shiradski, M. / Lavid, N. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2019年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4655
ポリマ－24,6851
非ポリマー7804
水2,756153
1
A: Histidine kinase
ヘテロ分子

A: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,93010
ポリマ－49,3702
非ポリマー1,5618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area4910 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.830, 80.280, 116.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-645-

HOH

21A-746-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase


分子量: 24684.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: GT94_12015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087LIA4, UniProt: W8QF84*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 3350, 1.05 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 22974 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.76→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 1.186 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6968

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.762→41.719 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 1148 5.01 %
Rwork0.2002 --
obs0.2017 22935 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.5 Å2 / Biso mean: 32.0303 Å2 / Biso min: 7.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.762→41.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1642 0 4 153 1799
Biso mean--83.88 39.18 -
残基数----205
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7623-1.84250.43311380.3856261598
1.8425-1.93960.29921430.24112711100
1.9396-2.06110.26491410.21482690100
2.0611-2.22030.25461430.20482716100
2.2203-2.44370.22951420.20052710100
2.4437-2.79720.25141440.20122736100
2.7972-3.52390.20881450.1952749100
3.5239-41.7190.1991520.18082860100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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