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- PDB-6svs: Crystal Structure of U:A-U-rich RNA triple helix with 11 consecut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6svs
タイトルCrystal Structure of U:A-U-rich RNA triple helix with 11 consecutive base triples
要素RNA (79-mer)
キーワードRNA / RNA triple helix poly(U:A-U) base triple
機能・相同性ADENOSINE-5'-PHOSPHATE-2',3'-CYCLIC PHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ruszkowska, A. / Ruszkowski, M. / Hulewicz, J.P. / Dauter, Z. / Brown, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM111430 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Molecular structure of a U•A-U-rich RNA triple helix with 11 consecutive base triples.
著者: Ruszkowska, A. / Ruszkowski, M. / Hulewicz, J.P. / Dauter, Z. / Brown, J.A.
履歴
登録2019年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (79-mer)
B: RNA (79-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,57716
ポリマ－49,2072
非ポリマー2,37014
水905
1
A: RNA (79-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7888
ポリマ－24,6031
非ポリマー1,1857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (79-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7888
ポリマ－24,6031
非ポリマー1,1857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.716, 78.114, 84.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 RNA (79-mer)


分子量: 24603.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 19分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-A23 / ADENOSINE-5'-PHOSPHATE-2',3'-CYCLIC PHOSPHATE / cADP


タイプ: RNA linking / 分子量: 409.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O9P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.28 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The crystallization drop included 1.5 ul of MALAT1_th11 RNA and 1 ul reservoir solution containing 50 mM sodium cacodylate pH 6.0-6.3, 200 mM calcium acetate, and 2.5 M sodium chloride. ...詳細: The crystallization drop included 1.5 ul of MALAT1_th11 RNA and 1 ul reservoir solution containing 50 mM sodium cacodylate pH 6.0-6.3, 200 mM calcium acetate, and 2.5 M sodium chloride. Crystals were cryoprotected by stepwise addition of crystallization solution supplemented with glycerol until the final concentration of 20% glycerol was reached.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.7 Å / Num. obs: 13040 / % possible obs: 54.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.71.471.16640.41.6613
8.34-40.70.02540.964810.02995.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4plx

4plx


解像度: 2.5→40.7 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 633 4.87 %
Rwork0.1666 --
obs0.1689 13011 54.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.72 Å2 / Biso mean: 91.9588 Å2 / Biso min: 32.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→40.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3372 20 5 3397
Biso mean--78.58 59.75 -
残基数----158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONbonds0.0053774
X-RAY DIFFRACTIONangles0.9125880
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.69040.468310.435354912
2.6904-2.96110.3433560.3087117726
2.9611-3.38940.23371210.1858239952
3.3894-4.26950.21021970.1752371182
4.2695-40.70.20082280.1472454298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84970.7639-0.62311.9361-1.04930.6564-0.0557-0.22740.2256-0.2917-0.10830.5670.405-0.55250.08690.426-0.2280.04320.8149-0.17470.6336-0.1232.707911.083
24.12031.84090.04670.86030.04750.00880.0734-0.9879-0.69680.13570.2032-0.34690.2687-0.3638-0.16540.3052-0.25650.02261.29710.07170.7676-25.050125.893421.2077
33.92991.4057-1.87343.3204-1.29731.76290.03090.1440.3552-0.7892-0.35090.2156-0.0014-0.74050.02130.3679-0.07320.07070.582-0.11990.45269.105540.14224.4485
44.2141-2.1372-5.17631.71432.65056.38670.3432-0.40060.9110.14270.32010.3107-0.4157-1.0776-0.58250.94960.05650.40621.34470.06420.84736.24140.897122.4421
50.0678-0.0603-0.18550.05010.15810.50170.56051.33711.4072-0.5701-0.214-0.2495-0.6886-0.6022-0.84910.7120.53410.44851.75740.69590.9439-23.23584.790346.3654
63.9675-1.2968-2.23742.50431.01633.54320.1581-0.47590.4340.2360.21760.2705-0.1056-0.9023-0.26720.91750.03220.35950.9140.14320.711612.567-3.196919.4441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 21 )A2 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 46 )A22 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 78 )A47 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 21 )B2 - 21
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 22 through 36 )B22 - 36
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 37 through 78 )B37 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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