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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6svb | |||||||||
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タイトル | Terahertz irradiated structure of bovine trypsin (odd frames of crystal x40) | |||||||||
![]() | Cationic trypsin | |||||||||
![]() | HYDROLASE / bovine trypsin / Terahertz irradiation / odd frames / x40 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ahlberg Gagner, V. / Lundholm, I. / Garcia-Bonete, M.J. / Rodilla, H. / Friedman, R. / Zhaunerchyk, V. / Bourenkov, G. / Schneider, T. / Stake, J. / Katona, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Clustering of atomic displacement parameters in bovine trypsin reveals a distributed lattice of atoms with shared chemical properties. 著者: Gagner, V.A. / Lundholm, I. / Garcia-Bonete, M.J. / Rodilla, H. / Friedman, R. / Zhaunerchyk, V. / Bourenkov, G. / Schneider, T. / Stake, J. / Katona, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6suxC ![]() 6sv0C ![]() 6sv6C ![]() 6sv8C ![]() 6sv9C ![]() 6svdC ![]() 6svgC ![]() 6sviC ![]() 6svjC ![]() 6svnC ![]() 6svrC ![]() 6svuC ![]() 6svvC ![]() 6svwC ![]() 6svxC ![]() 6svzC ![]() 6sw0C ![]() 418gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-BEN / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein solution - 60 mg/ml trypsin, 6 mg/ml benzamidine and 3 mM CaCl2 in a 30 mM HEPES buffer pH 7.0. Well solution - 18% PEG 8000, 200 mM (NH4)2SO4, 50 mM HEPES pH 7, 3 mM CaCl2 and 6 ...詳細: protein solution - 60 mg/ml trypsin, 6 mg/ml benzamidine and 3 mM CaCl2 in a 30 mM HEPES buffer pH 7.0. Well solution - 18% PEG 8000, 200 mM (NH4)2SO4, 50 mM HEPES pH 7, 3 mM CaCl2 and 6 mg/ml benzamidine. 1:1 ratio drops |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.15→42.69 Å / Num. obs: 127574 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.542 % / Biso Wilson estimate: 14.227 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.142 / Net I/σ(I): 7.75 / Num. measured all: 579396 / Scaling rejects: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 418G 解像度: 1.15→42.69 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.731 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→42.69 Å
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