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- PDB-6sv1: Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 E34A variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sv1
タイトルCrystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 E34A variant
要素Encapsulated Ferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Encapsulated ferritin / ferroxidase / ferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / ferroxidase / ferroxidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferritin-like protein / EncFtn-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Encapsulated ferritin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Marles-Wright, J. / He, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N005570/1 英国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Dissecting the structural and functional roles of a putative metal entry site in encapsulated ferritins.
著者: Piergentili, C. / Ross, J. / He, D. / Gallagher, K.J. / Stanley, W.A. / Adam, L. / Mackay, C.L. / Basle, A. / Waldron, K.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Marles-Wright, J.
履歴
登録2019年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Encapsulated Ferritin
B: Encapsulated Ferritin
C: Encapsulated Ferritin
D: Encapsulated Ferritin
E: Encapsulated Ferritin
F: Encapsulated Ferritin
G: Encapsulated Ferritin
H: Encapsulated Ferritin
I: Encapsulated Ferritin
J: Encapsulated Ferritin
K: Encapsulated Ferritin
L: Encapsulated Ferritin
M: Encapsulated Ferritin
N: Encapsulated Ferritin
O: Encapsulated Ferritin
P: Encapsulated Ferritin
Q: Encapsulated Ferritin
R: Encapsulated Ferritin
S: Encapsulated Ferritin
T: Encapsulated Ferritin
U: Encapsulated Ferritin
V: Encapsulated Ferritin
W: Encapsulated Ferritin
X: Encapsulated Ferritin
Y: Encapsulated Ferritin
Z: Encapsulated Ferritin
a: Encapsulated Ferritin
b: Encapsulated Ferritin
c: Encapsulated Ferritin
d: Encapsulated Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,08678
ポリマ－398,68930
非ポリマー2,39748
水11,530640
1
A: Encapsulated Ferritin
B: Encapsulated Ferritin
C: Encapsulated Ferritin
D: Encapsulated Ferritin
E: Encapsulated Ferritin
F: Encapsulated Ferritin
G: Encapsulated Ferritin
H: Encapsulated Ferritin
I: Encapsulated Ferritin
J: Encapsulated Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,77528
ポリマ－132,89610
非ポリマー87918
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Encapsulated Ferritin
L: Encapsulated Ferritin
M: Encapsulated Ferritin
N: Encapsulated Ferritin
O: Encapsulated Ferritin
P: Encapsulated Ferritin
Q: Encapsulated Ferritin
R: Encapsulated Ferritin
S: Encapsulated Ferritin
T: Encapsulated Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,65525
ポリマ－132,89610
非ポリマー75915
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
U: Encapsulated Ferritin
V: Encapsulated Ferritin
W: Encapsulated Ferritin
X: Encapsulated Ferritin
Y: Encapsulated Ferritin
Z: Encapsulated Ferritin
a: Encapsulated Ferritin
b: Encapsulated Ferritin
c: Encapsulated Ferritin
d: Encapsulated Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,65525
ポリマ－132,89610
非ポリマー75915
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.794, 120.136, 139.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.202, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161
171
181
191
201
211
221
231
241
251
261
271
281
291
301

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 8 - 90 / Label seq-ID: 8 - 90

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 8 through 90)AA
22(chain 'B' and resid 8 through 90)BB
33(chain 'C' and resid 8 through 90)CC
44(chain 'D' and resid 8 through 90)DD
55(chain 'E' and resid 8 through 90)EE
66(chain 'F' and resid 8 through 90)FF
77(chain 'G' and resid 8 through 90)GG
88(chain 'H' and resid 8 through 90)HH
99(chain 'I' and resid 8 through 90)II
1010(chain 'J' and resid 8 through 90)JJ
1111(chain 'K' and resid 8 through 90)KK
1212(chain 'L' and resid 8 through 90)LL
1313(chain 'M' and resid 8 through 90)MM
1414(chain 'N' and resid 8 through 90)NN
1515(chain 'O' and resid 8 through 90)OO
1616(chain 'P' and resid 8 through 90)PP
1717(chain 'Q' and resid 8 through 90)QQ
1818(chain 'R' and resid 8 through 90)RR
1919(chain 'S' and resid 8 through 90)SS
2020(chain 'T' and resid 8 through 90)TT
2121(chain 'U' and resid 8 through 90)UU
2222(chain 'V' and resid 8 through 90)VV
2323(chain 'W' and resid 8 through 90)WW
2424(chain 'X' and resid 8 through 90)XX
2525(chain 'Y' and resid 8 through 90)YY
2626(chain 'Z' and resid 8 through 90)ZZ
2727(chain 'a' and resid 8 through 90)aAA
2828(chain 'b' and resid 8 through 90)bBA
2929(chain 'c' and resid 8 through 90)cCA
3030(chain 'd' and resid 8 through 90)dDA

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要素

#1: タンパク質 ...
Encapsulated Ferritin


分子量: 13289.638 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
遺伝子: Rru_A0973 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RVS1
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.14 M Calcium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.74 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月10日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.186→48.73 Å / Num. obs: 314834 / % possible obs: 96.37 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 33.05 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09441 / Rpim(I) all: 0.06549 / Rrim(I) all: 0.1155 / Net I/σ(I): 8.04
反射 シェル解像度: 2.186→2.265 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6883 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 30221 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.4775 / Rrim(I) all: 0.8422 / % possible all: 92.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5da5

5da5


解像度: 2.19→48.73 Å / SU ML: 0.2661 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.4837
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 15588 4.95 %
Rwork0.1712 --
obs0.173 314739 96.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22072 0 48 640 22760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012222551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8930699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05023445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.201813593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.210.30494550.28899089X-RAY DIFFRACTION88.09
2.21-2.240.30855360.26319821X-RAY DIFFRACTION94.91
2.24-2.260.32225570.26429754X-RAY DIFFRACTION94.99
2.26-2.290.3045470.25699781X-RAY DIFFRACTION95.31
2.29-2.320.28394930.23189938X-RAY DIFFRACTION95.15
2.32-2.360.26665690.22159846X-RAY DIFFRACTION95.29
2.36-2.390.24795220.2159863X-RAY DIFFRACTION95.56
2.39-2.420.25675160.20649895X-RAY DIFFRACTION96.07
2.42-2.460.23545250.20059984X-RAY DIFFRACTION96.1
2.46-2.50.24445350.20249889X-RAY DIFFRACTION95.64
2.5-2.550.28214290.26599387X-RAY DIFFRACTION90.41
2.55-2.590.26444860.200210037X-RAY DIFFRACTION96.52
2.59-2.640.23815010.17819957X-RAY DIFFRACTION96.15
2.64-2.70.2255140.17979964X-RAY DIFFRACTION96.78
2.7-2.750.24094720.188810090X-RAY DIFFRACTION96.81
2.75-2.820.23545460.178110013X-RAY DIFFRACTION96.92
2.82-2.890.20985120.171210020X-RAY DIFFRACTION96.75
2.89-2.970.24534800.175510113X-RAY DIFFRACTION96.75
2.97-3.050.23195090.175410023X-RAY DIFFRACTION96.9
3.05-3.150.22284780.177210156X-RAY DIFFRACTION97.64
3.15-3.270.21974960.192210125X-RAY DIFFRACTION97.8
3.27-3.40.23875290.182810088X-RAY DIFFRACTION97.59
3.4-3.550.20845710.162810060X-RAY DIFFRACTION97.88
3.55-3.740.16614800.147910204X-RAY DIFFRACTION98.23
3.74-3.970.14965590.132210212X-RAY DIFFRACTION98.31
3.97-4.280.16645420.124110097X-RAY DIFFRACTION98.04
4.28-4.710.14856170.123110079X-RAY DIFFRACTION98.07
4.71-5.390.17615460.148410178X-RAY DIFFRACTION98.85
5.39-6.790.21485460.168210235X-RAY DIFFRACTION98.84
6.79-48.730.17195200.158210246X-RAY DIFFRACTION98.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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