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- PDB-6stt: Adenovirus 29 Fiber Knob protein in complex with Sialic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6stt
タイトルAdenovirus 29 Fiber Knob protein in complex with Sialic acid
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / Adenovirus / Type 29 / Sialic Acid / 3D Structure / Fiber Knob
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 29 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Baker, A.T. / Mundy, R.M. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
引用ジャーナル: npj Viruses / 年: 2023
タイトル: Broad sialic acid usage amongst species D human adenovirus
著者: Mundy, R.M. / Baker, A.T. / Bates, E.A. / Cunliffe, T.G. / Teijeira-Crespo, A. / Moses, E. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
履歴
登録2019年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6124
ポリマ－41,9932
非ポリマー6192
水6,666370
1
A: Fiber
ヘテロ分子

A: Fiber
ヘテロ分子

A: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9186
ポリマ－62,9903
非ポリマー9283
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area7840 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
2
B: Fiber
ヘテロ分子

B: Fiber
ヘテロ分子

B: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9186
ポリマ－62,9903
非ポリマー9283
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_454-z-1,x,-y-11
crystal symmetry operation11_544y,-z-1,-x-11
Buried area7910 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.236, 104.236, 104.236
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-665-

HOH

21B-658-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fiber


分子量: 20996.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 29 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1CIQ3
#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M SPG Buffer, 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→60.25 Å / Num. obs: 55982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.54-1.5722.32.376227627870.6050.5122.4251.4100
8.44-60.1818.70.03737839410.0070.0317799.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→60.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.999 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.0818 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.073
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1878 2767 4.9 %RANDOM
Rwork0.1398 ---
obs0.1423 53165 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.88 Å2 / Biso mean: 27.295 Å2 / Biso min: 15.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→60.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 42 370 3264
Biso mean--59.2 38.48 -
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0172698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6681.6494064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4331.5766319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.815358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.53325.524143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75515509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.171154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.36232983
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 206 -
Rwork0.263 3880 -
all-4086 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3589-1.03040.48371.8114-0.35581.45270.05980.12450.217-0.1255-0.0916-0.3564-0.12730.01620.03180.03110.00770.03420.00780.01940.0761-19.1678-17.7965-37.8687
21.8015-1.00790.38722.3546-0.52231.4539-0.0928-0.12810.35350.10930.0656-0.2122-0.00940.12910.02720.0070.0082-0.01890.0319-0.03520.0753-17.783-19.174-66.3991
30.0035-0.0180.01080.9426-0.46480.23230.0042-0.0354-0.0087-0.2301-0.00410.01720.1362-0.0265-0.00010.3832-0.03120.03320.4573-0.03740.3029-33.5891-33.6237-52.0852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A187 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2B187 - 371
3X-RAY DIFFRACTION3A - B400 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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