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- PDB-6stf: Human Rab8a phosphorylated at Ser111 in complex with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6stf
タイトルHuman Rab8a phosphorylated at Ser111 in complex with GDP
要素Ras-related protein Rab-8A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Parkinson Disease / Phosphorylation / Small G-Protein / SF3 Motif
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / vesicle-mediated transport in synapse / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / vesicle-mediated transport in synapse / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to cilium / endocytic recycling / non-motile cilium / vesicle docking involved in exocytosis / TBC/RABGAPs / ciliary membrane / ciliary base / Golgi organization / exocytosis / cilium assembly / protein secretion / phagocytic vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / protein tyrosine kinase binding / axonogenesis / small monomeric GTPase / ciliary basal body / trans-Golgi network membrane / regulation of autophagy / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cilium / cellular response to insulin stimulus / autophagy / small GTPase binding / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptic vesicle / midbody / dendritic spine / postsynaptic density / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / neuronal cell body / glutamatergic synapse / GTP binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain ...: / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-8A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Vieweg, S. / Mulholland, K. / Braeuning, B. / Kachariya, N. / Lai, Y. / Toth, R. / Sattler, M. / Groll, M. / Itzen, A. / Muqit, M.M.K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: PINK1-dependent phosphorylation of Serine111 within the SF3 motif of Rab GTPases impairs effector interactions and LRRK2-mediated phosphorylation at Threonine72.
著者: Vieweg, S. / Mulholland, K. / Brauning, B. / Kachariya, N. / Lai, Y.C. / Toth, R. / Singh, P.K. / Volpi, I. / Sattler, M. / Groll, M. / Itzen, A. / Muqit, M.M.K.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-8A
B: Ras-related protein Rab-8A
C: Ras-related protein Rab-8A
D: Ras-related protein Rab-8A
E: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,96615
ポリマ－103,6285
非ポリマー2,33810
水81145
1
A: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1933
ポリマ－20,7261
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1933
ポリマ－20,7261
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1933
ポリマ－20,7261
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1933
ポリマ－20,7261
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1933
ポリマ－20,7261
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.550, 75.180, 107.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel


分子量: 20725.699 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB8A, MEL, RAB8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61006
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate, 0.2 M MgAc2, 20% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 35267 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4015 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LHV

4lhv


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 23.313 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.306
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 1763 5 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
obs0.2343 33488 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.09 Å2 / Biso mean: 48.379 Å2 / Biso min: 25.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å21.04 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6685 0 145 45 6875
Biso mean--36.68 39.45 -
残基数----825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0136930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.6739315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.051.60415172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4435815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.78422.326374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.383151325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2461548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0340.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021518
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.187313489
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 126 -
Rwork0.375 2396 -
all-2522 -
obs--97.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08380.22820.0020.67150.08580.5085-0.008-0.01450.0167-0.0202-0.02770.03810.00620.03320.03570.00810.0044-0.03210.2077-0.00590.1396-16.983289.62327.1574
20.73860.23280.00260.3701-0.11120.7348-0.0046-0.0209-0.1082-0.0154-0.0125-0.05520.04610.01570.01710.0325-0.0124-0.05310.1918-0.02120.1352-17.904637.772837.7266
30.28350.3764-0.30530.7109-0.13010.6923-0.01620.0263-0.01170.00020.0566-0.07070.0409-0.0239-0.04030.02460.0092-0.05550.2322-0.01680.13468.013252.099612.7399
41.3376-0.1795-0.21080.4165-0.27310.3336-0.1031-0.18030.03620.00530.05730.01030.01410.08340.04590.02920.0239-0.0450.2430.00070.123112.087267.017541.8448
50.50550.17570.57351.2259-0.16890.7707-0.0153-0.04740.0110.04660.03070.0289-0.0297-0.0762-0.01540.01470.0306-0.03150.2134-0.00410.1212-23.427668.940628.1773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 902
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 902
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 902
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 902
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 902

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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