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万見
- PDB-6st5: crystal structure of LicM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6st5
タイトルcrystal structure of LicM2
要素LicM2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / crystal / ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide modification / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Type 2 lantibiotic biosynthesis protein LanM / Lantibiotic biosynthesis protein, dehydration domain / Domain of unknown function (DUF4135) / Lanthionine synthetase C-like protein / Lanthionine synthetase C-like protein / Lanthionine synthetase C-like / Six-hairpin glycosidase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / LicM2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Gonsior, M. / Mainz, A. / Hugelland, M. / Kuthning, A. / Tietzmann, M. / Dobbek, H. / Martins, B.M. / Sussmuth, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2008 1 390540038 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of LicM2
著者: Gonsior, M. / Martins, B.M.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LicM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,56312
ポリマ－111,2301
非ポリマー1,33311
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.365, 128.408, 141.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LicM2


分子量: 111230.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: licM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9MWH4

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非ポリマー , 5種, 12分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: long pencil-shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M MOPS, 12% PEG 8000 / Temp details: incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.979568 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979568 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.817→47.503 Å / Num. obs: 35085 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.96
反射 シェル解像度: 2.82→2.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 3435

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_1168精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.82→47.5 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 32.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 2094 3.16 %
Rwork0.224 64265 -
obs0.225 66359 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 239.41 Å2 / Biso mean: 90 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7257 0 202 1 7460
Biso mean--113.98 72.67 -
残基数----913
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.82-2.88230.45911410.3861423898
2.8823-2.95440.36931410.3604423999
2.9544-3.03430.37851400.33884294100
3.0343-3.12350.37381400.35594329100
3.1235-3.22430.42381400.31384287100
3.2243-3.33960.34831370.28524277100
3.3396-3.47320.32371420.26324306100
3.4732-3.63120.33021390.2434279100
3.6312-3.82260.26421410.21664325100
3.8226-4.0620.2471360.1851426399
4.062-4.37540.2191380.17284301100
4.3754-4.81540.20051400.15914284100
4.8154-5.51120.20561370.18554298100
5.5112-6.94010.26461370.23424272100
6.9401-47.50.26261450.2174427399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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