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万見
- PDB-6sra: Crystal structure of glutathione transferase Omega 2C from Tramet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sra
タイトルCrystal structure of glutathione transferase Omega 2C from Trametes versicolor in complex with naringenin
要素glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE / glutathione transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
R-naringenin / GLUTATHIONE / GST N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trametes versicolor (カワラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.206 Å
データ登録者Schwartz, M. / Favier, F. / Didierjean, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-LAS-0002-01 フランス
引用ジャーナル: Fungal Genet Biol. / 年: 2021
タイトル: Diversity of Omega Glutathione Transferases in mushroom-forming fungi revealed by phylogenetic, transcriptomic, biochemical and structural approaches.
著者: Perrot, T. / Schwartz, M. / Deroy, A. / Girardet, J.M. / Kohler, A. / Morel-Rouhier, M. / Favier, F. / Gelhaye, E. / Didierjean, C.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutathione transferase
B: glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0166
ポリマ－54,8562
非ポリマー1,1594
水82946
1
A: glutathione transferase
ヘテロ分子

A: glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0166
ポリマ－54,8562
非ポリマー1,1594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
2
B: glutathione transferase
ヘテロ分子

B: glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0166
ポリマ－54,8562
非ポリマー1,1594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3200 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.891, 141.959, 65.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.700, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 glutathione transferase


分子量: 27428.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trametes versicolor (カワラタケ)
株: FP-101664 / 遺伝子: TRAVEDRAFT_67635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R7S7J5
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-CWE / R-naringenin / (R)-ナリンゲニン


分子量: 272.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 10% (v/v) 2-Propanol and 0.1 M pH 7.5 HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97994 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.206→37.43 Å / Num. obs: 27025 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 33.16 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.21-2.272.60.383607822990.8960.2660.4681.694
9.09-37.432.80.0911253950.980.0630.11110.895.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SR8

6sr8


解像度: 2.206→34.369 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 1327 4.92 %
Rwork0.2222 --
obs0.2249 26965 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.61 Å2 / Biso mean: 45.1599 Å2 / Biso min: 13.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.206→34.369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3686 0 132 46 3864
Biso mean--35.89 28.85 -
残基数----469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2915273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2852311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.206-2.29380.38061360.3155281695
2.2938-2.39820.31531450.2928289598
2.3982-2.52460.30881590.2612289998
2.5246-2.68270.3341360.2563288698
2.6827-2.88970.28591700.2451285397
2.8897-3.18030.33951360.2638285296
3.1803-3.64010.31530.2323277295
3.6401-4.58440.23481400.1927276893
4.5844-34.3690.21941520.1654289797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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