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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sr0 | ||||||
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タイトル | X-ray pump X-ray probe on lysozyme.Gd nanocrystals: single colour reference data | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Radiation damage / SERIAL femtosecond CRYSTALLOGRAPHY / X-ray FREE-ELECTRON LASER / time-resolved crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kloos, M. / Gorel, A. / Nass, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural dynamics in proteins induced by and probed with X-ray free-electron laser pulses. 著者: Nass, K. / Gorel, A. / Abdullah, M.M. / V Martin, A. / Kloos, M. / Marinelli, A. / Aquila, A. / Barends, T.R.M. / Decker, F.J. / Bruce Doak, R. / Foucar, L. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / ...著者: Nass, K. / Gorel, A. / Abdullah, M.M. / V Martin, A. / Kloos, M. / Marinelli, A. / Aquila, A. / Barends, T.R.M. / Decker, F.J. / Bruce Doak, R. / Foucar, L. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Hunter, M.S. / Jurek, Z. / Koglin, J.E. / Kozlov, A. / Lutman, A.A. / Kovacs, G.N. / Roome, C.M. / Shoeman, R.L. / Santra, R. / Quiney, H.M. / Ziaja, B. / Boutet, S. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sr0.cif.gz | 45.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sr0.ent.gz | 29.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sr0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sr0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sr0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sr0_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sr0_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/6sr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/6sr0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6sr1C 6sr2C 6sr3C 6sr4C 6sr5C 6srjC 6srkC 6srlC 6sroC 6srpC 6srqC 4n5rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Cysteine side chains were modeled as alanines with a non-covalently attached sulfur atom during refinement. The submitted coordinates represent the mean of 100 coordinate sets obtained by ...詳細: Cysteine side chains were modeled as alanines with a non-covalently attached sulfur atom during refinement. The submitted coordinates represent the mean of 100 coordinate sets obtained by refining against diffraction intensities obtained by jackknife resampling of the diffraction snapshots. The coordinate header originates from one of the individual refinements. 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme |
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-非ポリマー , 5種, 34分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.11 % / 解説: nanocrystals |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 3 詳細: 20 % NACL, 6 % PEG 6000, 0.1 M SODIUM acetate pH 3.0 Temp details: ice cold solutions |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.74 Å |
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.74 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→22.81 Å / Num. obs: 5315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / CC1/2: 0.983 / R split: 0.085 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.36 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 436 / CC1/2: 0.958 / R split: 0.128 / % possible all: 100 |
Serial crystallography measurement | Focal spot size: 0.023 µm2 / Pulse duration: 15 fsec. / Pulse energy: 500 µJ / Pulse photon energy: 7.07 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz |
Serial crystallography sample delivery | 解説: GDVN injection / 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | 解説: GDVN |
Serial crystallography data reduction | Frames indexed: 16000 / Lattices indexed: 16000 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4n5r 解像度: 2.3→22.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 6.103 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.257 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. The submitted coordinates represent the mean of 100 coordinate sets obtained by refining against diffraction ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. The submitted coordinates represent the mean of 100 coordinate sets obtained by refining against diffraction intensities obtained by jackknife resampling of the diffraction snapshots. The coordinate header originates from one of the individual refinements.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.93 Å2 / Biso mean: 26.841 Å2 / Biso min: 17.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→22.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.302→2.361 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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