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- PDB-6sqp: Crystal structure of Cat MDM2-S429E RING domain homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sqp
タイトルCrystal structure of Cat MDM2-S429E RING domain homodimer
要素(E3 ubiquitin-protein ligase ...) x 3
キーワードLIGASE / MDM2 / MDMX / ubiquitin ligase / E3 / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of biological quality / ribonucleoprotein complex binding / ubiquitin binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / 5S rRNA binding / regulation of gene expression / regulation of cell cycle / protein ubiquitination ...regulation of biological quality / ribonucleoprotein complex binding / ubiquitin binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / 5S rRNA binding / regulation of gene expression / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Felis catus (イエネコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Magnussen, H.M. / Ahmed, S.F. / Huang, D.T.
資金援助 英国, ベルギー, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKA23278 英国
European Research Council647849 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for DNA damage-induced phosphoregulation of MDM2 RING domain.
著者: Magnussen, H.M. / Ahmed, S.F. / Sibbet, G.J. / Hristova, V.A. / Nomura, K. / Hock, A.K. / Archibald, L.J. / Jamieson, A.G. / Fushman, D. / Vousden, K.H. / Weissman, A.M. / Huang, D.T.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,62815
ポリマ－29,9724
非ポリマー65611
水4,378243
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1707
ポリマ－14,8732
非ポリマー2975
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area7240 Å2
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4588
ポリマ－15,0992
非ポリマー3596
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area7580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)29.240, 39.760, 104.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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E3 ubiquitin-protein ligase ... , 3種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 7152.696 Da / 分子数: 1 / 変異: S429E, G443T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 422-491 and contains S429E and G443T mutation. GS at the N-terminus resulted from cloning.
由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YRZ8, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 7720.328 Da / 分子数: 2 / 変異: S429E, G443T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 422-491 and contains S429E and G443T. GS at the N-terminus resulted from cloning.
由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YRZ8, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 7378.926 Da / 分子数: 1 / 変異: S429E, G443T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 422-491 and contains S429E and G443T. GS at the N-terminus resulted from cloning.
由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YRZ8, RING-type E3 ubiquitin transferase

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非ポリマー , 4種, 254分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M MMT, pH 9.0 and 25% (w/v) PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→23.53 Å / Num. obs: 71796 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.21→1.24 Å / Num. unique obs: 5274 / CC1/2: 0.608

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MNJ

5mnj


解像度: 1.21→23.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 --
Rwork0.171 --
obs-71796 98.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→23.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2011 0 14 243 2268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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