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万見
- PDB-6so9: Mouse RBM20 RRM domain in complex with AUCUUA RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6so9
タイトルMouse RBM20 RRM domain in complex with AUCUUA RNA
要素
  • AUCUUA
  • RNA-binding protein 20
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Alternative splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosome-depend formation of circular RNA / heart formation / splicing factor binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / positive regulation of RNA splicing / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RBM20, RNA recognition motif / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA-binding protein 20
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mackereth, C.D. / Upadhyay, S.K.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of UCUU RNA motif recognition by splicing factor RBM20.
著者: Upadhyay, S.K. / Mackereth, C.D.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Structural basis of UCUU RNA motif recognition by splicing factor RBM20
著者: Mackereth, C.D. / Upadhyay, S.K.
履歴
登録2019年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: AUCUUA
A: RNA-binding protein 20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3292
ポリマ－14,3292
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2010 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7220 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 AUCUUA


分子量: 1757.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 RNA-binding protein 20 / RNA-binding motif protein 20


分子量: 12571.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rbm20 / プラスミド: pET-His1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): lysY / 参照: UniProt: Q3UQS8
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
125isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HNCA
161isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HNHA
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1106isotropic12D 1H-13C HSQC CT
1112isotropic13D 1H-15N NOESY
1125isotropic23D 1H-13C NOESY
1135isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1144isotropic22D 1H-1H NOESY
1154isotropic22D 1H-1H TOCSY
2167isotropic12D x2-filtered 1H-1H NOESY
1174isotropic12D 1H-13C HSQC
1185isotropic22D x2-filtered 1H-1H NOESY
1191isotropic13D (H)C(CO)NH-TOCSY
1206isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Mouse RBM20 RRM domain, 480 uM AUCUUA, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13C,15N-labelled RBM20(513-621) in complex with natural abundance AUCUUA RNA13C15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution2400 uM [U-99% 15N] Mouse RBM20 RRM domain, 480 uM AUCUUA, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N-labelled RBM20(513-621) in complex with natural abundance AUCUUA RNA15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution3500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Mouse RBM20 RRM domain, 600 uM AUCUUA, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13C15N-labelled RBM20(513-621) in complex with natural abundance AUCUUA RNA13C15N_H2O_290% H2O/10% D2O
solution4300 uM [U-99% 2H; U-99% 15N] Mouse RBM20 RRM domain, 290 uM AUCUUA, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O2H15N-labelled RBM20(513-621) in complex with natural abundance AUCUUA RNA2H15N_D2O100% D2O
solution5300 uM [U-99% 13C] Mouse RBM20 RRM domain, 360 uM AUCUUA, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O13C-labelled RBM20(513-621) in complex with natural abundance AUCUUA RNA13C_D2O100% D2O
solution6450 uM [U-10% 13C; U-99% 15N] Mouse RBM20 RRM domain, 560 uM AUCUUA, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O10%-13C,15N-labelled RBM20(513-621) in complex with natural abundance AUCUUA RNA10%C_H2O90% H2O/10% D2O
solution7500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Mouse RBM20 RRM domain, 600 uM AUCUUA, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13C15N-labelled RBM20(513-621) in complex with natural abundance AUCUUA RNA13C15N_H2O_27890% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMMouse RBM20 RRM domain[U-99% 13C; U-99% 15N]1
480 uMAUCUUAnatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
400 uMMouse RBM20 RRM domain[U-99% 15N]2
480 uMAUCUUAnatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
500 uMMouse RBM20 RRM domain[U-99% 13C; U-99% 15N]3
600 uMAUCUUAnatural abundance3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
300 uMMouse RBM20 RRM domain[U-99% 2H; U-99% 15N]4
290 uMAUCUUAnatural abundance4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
300 uMMouse RBM20 RRM domain[U-99% 13C]5
360 uMAUCUUAnatural abundance5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
50 mMsodium chloridenatural abundance5
450 uMMouse RBM20 RRM domain[U-10% 13C; U-99% 15N]6
560 uMAUCUUAnatural abundance6
20 mMsodium phosphatenatural abundance6
50 mMsodium chloridenatural abundance6
500 uMMouse RBM20 RRM domain[U-99% 13C; U-99% 15N]7
600 uMAUCUUAnatural abundance7
20 mMsodium phosphatenatural abundance7
50 mMsodium chloridenatural abundance7
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
170 mM298K6.51 atm298 K
270 mM278K6.51 atm278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker NeoBrukerNeo7001TXI
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002cryoprobe TCI

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing4ARIA 2.3
simulated annealing5CNS 1.2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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