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- PDB-6snd: crystal structure of LN01 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6snd
タイトルcrystal structure of LN01 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • LN01 heavy chain
  • LN01 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / gp41 / antibody / complex / MPER
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dodecyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / PHOSPHOCHOLINE / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Caillat, C. / Pinto, D. / Corti, D. / Fenwick, C. / Pantaleo, G. / Weissenhorn, W.
資金援助 スイス, フランス, 3件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1114725 スイス
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1032144 スイス
European CommissionNo. 681137, H2020 EAVI フランス
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Broad HIV-1 Neutralization by the MPER-Specific Human Broadly Neutralizing Antibody LN01.
著者: Pinto, D. / Fenwick, C. / Caillat, C. / Silacci, C. / Guseva, S. / Dehez, F. / Chipot, C. / Barbieri, S. / Minola, A. / Jarrossay, D. / Tomaras, G.D. / Shen, X. / Riva, A. / Tarkowski, M. / ...著者: Pinto, D. / Fenwick, C. / Caillat, C. / Silacci, C. / Guseva, S. / Dehez, F. / Chipot, C. / Barbieri, S. / Minola, A. / Jarrossay, D. / Tomaras, G.D. / Shen, X. / Riva, A. / Tarkowski, M. / Schwartz, O. / Bruel, T. / Dufloo, J. / Seaman, M.S. / Montefiori, D.C. / Lanzavecchia, A. / Corti, D. / Pantaleo, G. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2019年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LN01 light chain
B: LN01 heavy chain
C: Envelope glycoprotein gp160
L: LN01 light chain
H: LN01 heavy chain
P: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,52011
ポリマ－104,0876
非ポリマー1,4335
水00
1
A: LN01 light chain
B: LN01 heavy chain
C: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6165
ポリマ－52,0433
非ポリマー5732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
2
L: LN01 light chain
H: LN01 heavy chain
P: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9046
ポリマ－52,0433
非ポリマー8613
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.707, 137.707, 146.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'P'P671 - 689
221chain 'C'C671 - 689
132(chain 'H' and (resid 2 through 126 or resid 135 through 215))H2 - 126
142(chain 'H' and (resid 2 through 126 or resid 135 through 215))H135 - 215
252(chain 'B' and (resid 2 through 126 or resid 135 through 215))B2 - 126
262(chain 'B' and (resid 2 through 126 or resid 135 through 215))B135 - 215
173chain 'L'L1 - 212
183chain 'L'L300
293chain 'A'A1 - 212
2103chain 'A'A300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 ALBH

#1: 抗体 LN01 light chain


分子量: 23230.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 LN01 heavy chain


分子量: 25520.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 CP

#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 3292.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: G3DH64, UniProt: P04578*PLUS
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-DPV / dodecyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / dodecylphosphocholine


分子量: 351.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H38NO4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン


分子量: 184.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PSF / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLSERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン


分子量: 455.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34NO10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7,5 10% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.91 Å / Num. obs: 26213 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 76.56 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.968 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4662 / CC1/2: 0.671

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→47.17 Å / SU ML: 0.4803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.3254
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 1336 5.11 %
Rwork0.2383 24796 -
obs0.2397 26132 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7118 0 92 0 7210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.837310109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05021135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.75022603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.210.44671240.40472441X-RAY DIFFRACTION99.88
3.21-3.340.37771280.33932433X-RAY DIFFRACTION99.49
3.34-3.490.31150.29622459X-RAY DIFFRACTION99.92
3.49-3.680.32181210.28942461X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.910.3231250.29442452X-RAY DIFFRACTION99.96
3.91-4.210.29241510.24282453X-RAY DIFFRACTION99.5
4.21-4.630.20111830.19592415X-RAY DIFFRACTION99.92
4.63-5.30.22471150.1882524X-RAY DIFFRACTION99.62
5.3-6.670.24361330.20532511X-RAY DIFFRACTION99.62
6.67-47.170.23571410.20282647X-RAY DIFFRACTION98.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0216417978262-0.02846476604890.0271594747477-0.0277724502592-0.1163875068760.0491496009422-0.4521351008750.2745588876530.1212575306790.536509074192-0.6852317425090.38278492202-0.6174158023160.1225760379921.41410711408E-70.5083502878930.050942387398-0.09624385621690.996497637934-0.1572277114730.0998059891810.9072489715-12.1238645127-28.414677999
20.0334010921472-0.03723105160640.0696292241404-0.001643885827240.04448347306680.0401206536984-0.2154501462650.1876038497050.4497569581920.496061922183-0.401600561859-0.0779090644078-0.1762712825220.321609549744.9691700629E-80.9033864200090.1033623942240.02977187283580.445557418863-0.1300231075220.370851182511-2.45478256342-9.2915845444328.142336637
30.8139828309080.121333529403-0.359469547211.27020185194-0.4696926086960.327028165748-0.0176864222067-0.0965349954528-0.00868922355689-0.175259413094-0.0301684137726-0.15189662745-0.00380165319434-0.1322395542813.49283410515E-100.438448201370.00464154819390.06696835869160.4137256091910.03672928993090.32923691070330.9777062124-13.2467948954-16.0233985519
40.976877464885-0.542632840756-0.196908669590.6764522012370.4521055848761.24076632470.0858063012210.0466105286409-0.0171510428470.0687634964346-0.004666413295690.122306619275-0.0126806265514-0.05050114151261.55171121033E-90.3202646165880.0594855516396-0.01075365020870.344470736950.07028238967990.3417100603053.15611503456-24.01884422810.6078820152
51.53246140546-0.3829802801660.7119998122490.156945842715-0.04996475115271.04611010115-0.0501628222525-0.1546516147310.147611120030.00734417907645-0.0967172640196-0.3767994834390.150051741667-0.0710514391957-3.43162478107E-100.386257617788-0.0175284158854-0.05120399839130.4120012018130.1150510634360.74646477455456.1122268775-16.07685095938.10850999678
60.45073377767-1.00129952436-0.1373375744911.579958738070.8742893318151.05431104289-0.07107792055120.163791910704-0.171878962217-0.0408489740881-0.068498871206-0.0326176881618-0.201774840872-0.0577664883618-7.32423183137E-100.4781759003520.1000264614130.01814361137260.467311096238-0.0289765467040.48185937290617.5324997378-47.7361850799-11.6656127593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain P
2X-RAY DIFFRACTION2chain C
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resseq 2:114) or (chain L and resseq 1:106)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resseq 2:114) or (chain A and resseq 1:106)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain H and resseq 115:215) or (chain L and resseq 107:213)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resseq 115:215) or (chain A and resseq 107:213)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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