ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0238精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | iMOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→27.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.799 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.067 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1449 | 2959 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1122 | - | - | - |
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obs | 0.1138 | 55566 | 98.88 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 87.49 Å2 / Biso mean: 17.73 Å2 / Biso min: 9.29 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.04 Å2 | -0.02 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | -0.04 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.12 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.93→27.93 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2581 | 0 | 18 | 322 | 2921 |
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Biso mean | - | - | 31.28 | 32.46 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 323 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.02 | 0.013 | 2800 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.017 | 2333 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.951 | 1.654 | 3803 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.61 | 1.574 | 5457 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.236 | 5 | 350 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg30.033 | 23.268 | 153 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg12.881 | 15 | 429 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg16.829 | 15 | 13 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.1 | 0.2 | 358 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.02 | 3247 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.002 | 0.02 | 612 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr4.527 | 3 | 5129 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.16 | 180 | - |
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Rwork | 0.116 | 3738 | - |
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all | - | 3918 | - |
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obs | - | - | 91.61 % |
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