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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sn4 | |||||||||||||||
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タイトル | BamABCDE in MSP1D1 nanodisc ensemble 0-4 | |||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane / OMP / beta-barrel / folding / insertion | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / protein-macromolecule adaptor activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Iadanza, M.G. / Ranson, N.A. / Radford, S.E. / Higgins, A.J. / Calabrese, A.N. / Schiffrin, B. / White, P. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Distortion of the bilayer and dynamics of the BAM complex in lipid nanodiscs. 著者: Matthew G Iadanza / Bob Schiffrin / Paul White / Matthew A Watson / Jim E Horne / Anna J Higgins / Antonio N Calabrese / David J Brockwell / Roman Tuma / Antreas C Kalli / Sheena E Radford / Neil A Ranson / ![]() ![]() 要旨: The β-barrel assembly machinery (BAM) catalyses the folding and insertion of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) into the outer membranes of Gram-negative bacteria by mechanisms that remain ...The β-barrel assembly machinery (BAM) catalyses the folding and insertion of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) into the outer membranes of Gram-negative bacteria by mechanisms that remain unclear. Here, we present an ensemble of cryoEM structures of the E. coli BamABCDE (BAM) complex in lipid nanodiscs, determined using multi-body refinement techniques. These structures, supported by single-molecule FRET measurements, describe a range of motions in the BAM complex, mostly localised within the periplasmic region of the major subunit BamA. The β-barrel domain of BamA is in a 'lateral open' conformation in all of the determined structures, suggesting that this is the most energetically favourable species in this bilayer. Strikingly, the BAM-containing lipid nanodisc is deformed, especially around BAM's lateral gate. This distortion is also captured in molecular dynamics simulations, and provides direct structural evidence for the lipid 'disruptase' activity of BAM, suggested to be an important part of its functional mechanism. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 274.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 217.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 10251MC ![]() 6smxC ![]() 6sn0C ![]() 6sn2C ![]() 6sn3C ![]() 6sn5C ![]() 6sn7C ![]() 6sn8C ![]() 6sn9C ![]() 6so7C ![]() 6so8C ![]() 6soaC ![]() 6sobC ![]() 6socC ![]() 6sogC ![]() 6sohC ![]() 6sojC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 87783.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39692.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 6096.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 25008.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 9728.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Bam complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: In MSP1D1 nanodisc with E. coli polar lipid extract / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 40.75 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 15504 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25541 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5LJO Accession code: 5LJO / Source name: PDB / タイプ: experimental model |