[日本語] English
万見
- PDB-6smk: Crystal structure of catalytic domain A109H mutant of prophage-en... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6smk
タイトルCrystal structure of catalytic domain A109H mutant of prophage-encoded M23 protein EnpA from Enterococcus faecalis.
要素Peptidase_M23 domain-containing protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / M23 family / prophage protein / peptidoglycan hydrolase / zinc metallopeptidase
機能・相同性: / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / metalloendopeptidase activity / metal ion binding / Peptidase M23 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.997 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Mitkowski, P. / Czapinska, H. / Sabala, I.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH/2016-3/19, POIR.04.04.00-00-3D8D/16-00 ポーランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural Characterization of EnpA D,L-Endopeptidase from Enterococcus faecalis Prophage Provides Insights into Substrate Specificity of M23 Peptidases.
著者: Malecki, P.H. / Mitkowski, P. / Jagielska, E. / Trochimiak, K. / Mesnage, S. / Sabala, I.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptidase_M23 domain-containing protein
B: Peptidase_M23 domain-containing protein
D: Peptidase_M23 domain-containing protein
C: Peptidase_M23 domain-containing protein
E: Peptidase_M23 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,57110
ポリマ－75,2445
非ポリマー3275
水70339
1
A: Peptidase_M23 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1142
ポリマ－15,0491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidase_M23 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1142
ポリマ－15,0491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Peptidase_M23 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1142
ポリマ－15,0491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Peptidase_M23 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1142
ポリマ－15,0491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Peptidase_M23 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1142
ポリマ－15,0491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.469, 136.469, 325.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質
Peptidase_M23 domain-containing protein


分子量: 15048.726 Da / 分子数: 5 / 変異: A109H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (strain ATCC 700802 / V583) (乳酸球菌)
株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: EF_1473 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q835A4
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.8M succinic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.997→49.246 Å / Num. obs: 36807 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.806 % / Biso Wilson estimate: 83.129 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rrim(I) all: 0.216 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 15.58
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.1822.5482.931.05130307582657790.4342.99799.2
3.18-3.422.3141.472.3121969546654660.7961.504100
3.4-3.6720.9360.6884.92107046511351130.9470.705100
3.67-4.0123.1670.3829.21110277476147600.9880.391100
4.01-4.4822.6380.18917.5496892428142800.9960.193100
4.48-5.1720.9090.11926.2880815386538650.9980.122100
5.17-6.3221.5630.10928.8970985329232920.9980.112100
6.32-8.8621.0330.06942.2455316263026300.9990.071100
8.86-49.24617.8940.03963.4329024163916220.9990.04199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SLU

3slu


解像度: 2.997→49.246 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 1841 5 %
Rwork0.2246 --
obs0.2263 36802 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 205.3 Å2 / Biso mean: 99.6079 Å2 / Biso min: 51.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.997→49.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4839 0 5 39 4883
Biso mean--85.83 80.79 -
残基数----646
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.997-3.07760.41071360.4076258898
3.0776-3.16820.34311400.34642646100
3.1682-3.27040.35821380.30792620100
3.2704-3.38730.3451390.27432640100
3.3873-3.52290.26831390.25032652100
3.5229-3.68320.29051400.24442660100
3.6832-3.87730.27811400.22122658100
3.8773-4.12010.27611400.21322664100
4.1201-4.4380.2121410.18612670100
4.438-4.88420.24631430.17692714100
4.8842-5.59020.19821430.19452719100
5.5902-7.03970.26581460.21892775100
7.0397-49.2460.23921560.23192955100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.17881.72370.63856.874-0.92913.21-0.19630.1905-0.5222-0.5672-0.0936-0.5210.23340.33390.28890.7307-0.12610.18370.70540.08930.619911.2665-2.831342.3103
25.68671.00110.96436.32961.19025.36820.00170.09070.7163-0.6656-0.0152-0.3062-0.72410.26620.02580.7934-0.07710.08960.41390.07160.62812.628320.697928.0691
38.07960.37292.5546.67250.2322.7211-0.0589-0.40360.7597-0.1303-0.1599-0.1569-0.78720.51750.23821.0434-0.3380.11720.8053-0.11340.775336.414338.693242.7226
43.4508-0.98331.73215.8295-0.69425.4423-0.30750.0306-0.5702-0.5399-0.1515-0.19260.36680.06370.49561.0204-0.23680.23540.60050.05431.144354.930434.72118.578
56.94972.7902-1.31847.578-0.79225.10310.0362-0.6399-0.9834-0.2721-0.1644-0.45480.3834-0.00050.12410.7417-0.19630.08640.67880.20450.992140.585811.836137.7154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 131)A5 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 129)B3 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 3 through 129)D3 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'E' and resid 3 through 129)E3 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 3 through 129)C3 - 129

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る