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- PDB-6smf: THE CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II DEHYDROQUINASE FROM ZYMOMONAS MOBILIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6smf
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II DEHYDROQUINASE FROM ZYMOMONAS MOBILIS
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / SHIKIMATE PATHWAY DEHYDRATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.343 Å
データ登録者Lapthorn, A.J. / Roszak, A.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/P00086X/1 英国
引用
ジャーナル: Nanoscale Horiz. / 年: 2020
タイトル: Biomacromolecular charge chirality detected using chiral plasmonic nanostructures
著者: Rodier, M. / Keijzer, C. / Milner, J. / Karimullah, A. / Roszak, A.W. / Barron, L.D. / Gadegaard, N. / Lapthorn, A.J. / Kadodwala, M.
#1: ジャーナル: Amb Express / 年: 2015
タイトル: Unraveling the kinetic diversity of microbial 3-dehydroquinate dehydratases of shikimate pathway.
著者: Liu, C. / Liu, Y.M. / Sun, Q.L. / Jiang, C.Y. / Liu, S.J.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The structure and mechanism of the type II dehydroquinase from Streptomyces coelicolor.
著者: Roszak, A.W. / Robinson, D.A. / Krell, T. / Hunter, I.S. / Fredrickson, M. / Abell, C. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,79513
ポリマ－64,5104
非ポリマー1,2859
水1,63991
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子

A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子

A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,38439
ポリマ－193,52912
非ポリマー3,85527
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area35590 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area61420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.627, 133.627, 101.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-202-

TRS

21D-202-

TRS

31D-203-

SO4

41D-203-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 146 / Label seq-ID: 6 - 149

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase


分子量: 16127.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア)
株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: aroD, aroQ, ZMO0737, ZMO1_ZMO0737 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5NPJ9, 3-dehydroquinate dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 % / 解説: Triangular plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91589 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.343→66.9 Å / Num. obs: 24281 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 74.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/av σ(I): 18.4 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.343-2.4811.1761.412150.5850.5561.30152.5
6.709-66.90.02157.9121210.010.023100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.59 Å66.81 Å
Translation4.59 Å66.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LWZ

3lwz


解像度: 2.343→66.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 20.495 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.3938 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.236 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2358
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1226 5 %RANDOM
Rwork0.1643 ---
obs0.1667 23074 85.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 190.28 Å2 / Biso mean: 82.799 Å2 / Biso min: 33.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å2-0 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.343→66.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 84 91 4515
Biso mean--86.95 71.27 -
残基数----576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0134507
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.6296150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3451.5689719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4265576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77323.382204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.00115704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1441519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02857
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A43210.06
12B43210.06
21A43470.07
22C43470.07
31A43320.07
32D43320.07
41B43520.06
42C43520.06
51B43120.06
52D43120.06
61C43670.06
62D43670.06
LS精密化 シェル解像度: 2.343→2.404 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 13 -
Rwork0.36 159 -
all-172 -
obs--8.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.92971.18620.24172.8399-0.12564.45390.1974-0.3178-0.68130.2429-0.05430.87990.3605-0.5661-0.14310.0757-0.09020.03730.21640.14710.5938-27.8757-14.401514.7638
24.6944-0.8752-0.64424.26821.08682.89450.07470.8418-0.9394-0.80040.14540.59620.2507-0.1175-0.22010.4125-0.0582-0.30540.2836-0.24880.548-13.6414-23.5852-10.0988
35.17-0.15781.32235.8233-1.45991.9788-0.00840.73230.2767-0.76090.20651.08940.0196-0.4334-0.1980.28010.0054-0.34440.44510.17740.5065-27.36973.7943-9.7242
44.9971.8184-0.28262.50940.08934.48010.1833-0.9978-0.21770.9935-0.04570.64620.001-0.5879-0.13760.51830.04720.3370.53030.24790.3176-15.9965-7.296134.5772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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