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- PDB-6skv: Crystal structure of bovine carbonic anhydrase II in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6skv
タイトルCrystal structure of bovine carbonic anhydrase II in complex with a benzenesulfonamide-based ligand (SH2)
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / CARBONIC ANHYDRASE II / CA2 / SULFONAMIDE / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / one-carbon metabolic process ...positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / one-carbon metabolic process / apical part of cell / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Chem-E5Z / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Groves, M.R. / Wang, W. / van Oosterwijk, N.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research722.012.003 オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Target diazotransfer reagents to label metalloenzymes
著者: Groves, M.R. / Wang, W. / van Oosterwijk, N. / Witte, M. / Lohse, J.
履歴
登録2019年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9558
ポリマ－29,1521
非ポリマー8047
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.308, 67.308, 122.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1262-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29151.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P00921, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-E5Z / ~{N}-[3-[(~{E})-2-(1~{H}-imidazol-5-yl)ethylideneamino]-3-oxidanylidene-propyl]-4-sulfamoyl-benzamide


分子量: 363.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N5O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH7.5, 14% PEG3350, 20% Glycerol, 5mM CuCl2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月18日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→42.3 Å / Num. obs: 33253 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 29.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08123 / Rpim(I) all: 0.01884 / Rrim(I) all: 0.08344 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5524 / Mean I/σ(I) obs: 4.11 / Num. unique obs: 3277 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.1292 / Rrim(I) all: 0.5675 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS20170601データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V9E

1v9e


解像度: 1.75→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 4.158 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.091
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1891 1725 5.2 %RANDOM
Rwork0.1713 ---
obs0.1722 31615 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.19 Å2 / Biso mean: 34.13 Å2 / Biso min: 22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20.29 Å20 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2054 0 41 213 2308
Biso mean--50.06 42.64 -
残基数----259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6321.9382940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9672.994499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0035260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49224.327104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73715337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.104159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02436
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.793 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 137 -
Rwork0.235 2259 -
obs--99.13 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3656 Å / Origin y: -14.1694 Å / Origin z: 3.0828 Å
111213212223313233
T0.072 Å20.059 Å2-0.0225 Å2-0.2293 Å2-0.072 Å2--0.0904 Å2
L0.2576 °2-0.0288 °2-0.1465 °2-0.4245 °20.0899 °2--0.706 °2
S0.1088 Å °0.016 Å °-0.061 Å °-0.0048 Å °-0.0303 Å °0.1445 Å °-0.0638 Å °0.2484 Å °-0.0785 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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