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万見
- PDB-6sj9: Proteasome accessory factor B/C (PafBC) of Arthrobacter aurescens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sj9
タイトルProteasome accessory factor B/C (PafBC) of Arthrobacter aurescens
要素Proteasome accessory factor B/C (PafBC)
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / DNA damage response / Sm-fold / winged helix-turn-helix / WYL domain / ferredoxin-like fold
機能・相同性PafC, HTH domain / PafC helix-turn-helix domain / : / WYL domain / WYL domain / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / WYL domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Paenarthrobacter aurescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mueller, A.U. / Leibundgut, M. / Ban, N. / Weber-Ban, E.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-163314 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure and functional implications of WYL domain-containing bacterial DNA damage response regulator PafBC.
著者: Muller, A.U. / Leibundgut, M. / Ban, N. / Weber-Ban, E.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome accessory factor B/C (PafBC)
B: Proteasome accessory factor B/C (PafBC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,35211
ポリマ－146,5392
非ポリマー8139
水4,756264
1
A: Proteasome accessory factor B/C (PafBC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8797
ポリマ－73,2691
非ポリマー6106
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proteasome accessory factor B/C (PafBC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4734
ポリマ－73,2691
非ポリマー2033
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.875, 119.033, 160.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 64 or resid 76...
21(chain B and (resid 2 through 121 or resid 132...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAMSEMSE(chain A and (resid 2 through 64 or resid 76...AA2 - 642 - 64
12SERSERPHEPHE(chain A and (resid 2 through 64 or resid 76...AA76 - 22476 - 224
13PROPROMSEMSE(chain A and (resid 2 through 64 or resid 76...AA226 - 45226 - 45
14SERSERGLUGLU(chain A and (resid 2 through 64 or resid 76...AA454 - 487454 - 487
15ALAALASERSER(chain A and (resid 2 through 64 or resid 76...AA489 - 664489 - 664
21ALAALAVALVAL(chain B and (resid 2 through 121 or resid 132...BB2 - 1212 - 121
22ASPASPPHEPHE(chain B and (resid 2 through 121 or resid 132...BB132 - 224132 - 224
23PROPROGLUGLU(chain B and (resid 2 through 121 or resid 132...BB226 - 487226 - 487
24ALAALASERSER(chain B and (resid 2 through 121 or resid 132...BB489 - 664489 - 664

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Proteasome accessory factor B/C (PafBC)


分子量: 73269.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenarthrobacter aurescens (バクテリア)
遺伝子: AAur_2182 / Variant: 579 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A4Y3NDN0*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 273分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris-propane pH 8.8 to 9.2, 80-160 mM KSCN, 18-21% w/v PEG-2000
PH範囲: 8.8 - 9.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978561 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978561 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.725 Å / Num. obs: 87298 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 67.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.1458.95.3442990.4980.6845.38597.5
11.32-48.72561.10.05665510.0070.05798.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180808データ削減
SHELXCD2016/1位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.725 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 7292 4.99 %
Rwork0.2032 --
obs0.2049 76278 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 211.32 Å2 / Biso mean: 74.6171 Å2 / Biso min: 26.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9923 0 49 264 10236
Biso mean--88.63 52.48 -
残基数----1279
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5767X-RAY DIFFRACTION13.32TORSIONAL
12B5767X-RAY DIFFRACTION13.32TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.2-2.2250.35552470.29734685
2.225-2.25120.35872380.29554578
2.2512-2.27860.2942440.27374674
2.2786-2.30750.32382370.26854565
2.3075-2.33780.33892420.27314660
2.3378-2.36990.29672420.26154622
2.3699-2.40370.31482450.25284644
2.4037-2.43960.27362410.24344591
2.4396-2.47770.25892430.24084633
2.4777-2.51830.27292460.244630
2.5183-2.56180.26762400.23284573
2.5618-2.60830.27522490.24244664
2.6083-2.65850.28732420.24044645
2.6585-2.71280.31362450.24354589
2.7128-2.77180.29272440.24794620
2.7718-2.83620.29172430.24074630
2.8362-2.90710.31972380.24594636
2.9071-2.98570.30032450.24894630
2.9857-3.07360.29162400.24884589
3.0736-3.17280.33852400.24074644
3.1728-3.28610.2612450.23284621
3.2861-3.41770.30072480.22244661
3.4177-3.57320.25332430.22674633
3.5732-3.76150.22772450.20454600
3.7615-3.99710.21132450.18094589
3.9971-4.30550.16282430.16154657
4.3055-4.73850.16782410.14684608
4.7385-5.42340.19612420.16314634
5.4234-6.82990.21312430.18724610
6.8299-48.7250.17942460.15854614
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5379-1.2006-1.35040.89421.31272.16930.2882-0.0940.2503-0.256-0.1382-0.1582-0.4151-0.1982-0.17430.4510.04760.06510.37380.11150.475320.390660.559473.1981
22.1252-0.6679-0.64661.66260.52661.25160.30590.29520.1984-0.3846-0.14790.1213-0.0658-0.1583-0.14050.42460.0666-0.0160.36870.05350.416919.965548.92461.5967
30.7504-0.1416-0.49840.894-0.97731.32520.11750.188-0.134-0.11050.07430.38090.1629-0.1983-0.18930.3212-0.0081-0.06210.336-0.00690.42128.425240.786379.5643
45.44470.08260.65467.31843.59058.03930.12881.1703-1.6969-0.45860.2794-0.93230.10210.4913-0.34990.5212-0.03620.02231.0732-0.3311.0272-20.468461.944274.2252
54.1116-1.1547-0.70573.5036-0.03563.42330.0812-0.130.3530.07060.210.252-0.6973-0.0462-0.24870.4971-0.0102-0.02060.42280.05340.4965-26.056790.2337106.9689
61.55360.3769-0.01222.07320.75581.6998-0.02080.35560.1512-0.55960.01950.4191-0.4467-0.2553-0.07040.57290.0779-0.08960.43090.08660.4347-21.321189.1312106.0809
74.5771-0.8863-4.11124.04012.33087.19330.11220.5596-0.0659-0.6220.19640.1608-0.3611-0.2008-0.30360.3989-0.0348-0.13640.6081-0.0440.5646-25.819476.632994.5986
83.46170.7795-1.23743.47970.31361.9633-1.069-0.6156-0.29831.55991.65420.20410.0238-0.48440.43661.26590.78440.33960.83720.25250.7925-6.36256.1191109.2491
92.1574-2.9317-0.08584.1587-0.6982.2185-0.02130.0197-0.78170.4218-0.01450.52681.0770.02920.03250.59120.00330.05560.4358-0.04130.7143-16.023764.8166116.774
106.07581.67720.15966.0866-0.70464.10910.02910.33230.0603-0.2880.01810.0704-0.19670.0036-0.06140.24280.06670.00220.2444-0.00710.24-11.484986.1452118.2083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 211 )A1 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 212 through 426 )A212 - 426
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 427 through 664 )A427 - 664
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 94 )B2 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 95 through 211 )B95 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 212 through 377 )B212 - 377
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 378 through 476 )B378 - 476
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 477 through 559 )B477 - 559
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 560 through 593 )B560 - 593
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 594 through 664 )B594 - 664

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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