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Yorodumi- PDB-6sj9: Proteasome accessory factor B/C (PafBC) of Arthrobacter aurescens -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sj9 | ||||||
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Title | Proteasome accessory factor B/C (PafBC) of Arthrobacter aurescens | ||||||
Components | Proteasome accessory factor B/C (PafBC) | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / transcriptional regulator / DNA damage response / Sm-fold / winged helix-turn-helix / WYL domain / ferredoxin-like fold | ||||||
Function / homology | PafC, HTH domain / PafC helix-turn-helix domain / WYL domain / WYL domain / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Paenarthrobacter aurescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Mueller, A.U. / Leibundgut, M. / Ban, N. / Weber-Ban, E. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Structure and functional implications of WYL domain-containing bacterial DNA damage response regulator PafBC. Authors: Muller, A.U. / Leibundgut, M. / Ban, N. / Weber-Ban, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sj9.cif.gz | 513.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sj9.ent.gz | 440.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sj9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6sj9_validation.pdf.gz | 466.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6sj9_full_validation.pdf.gz | 485.2 KB | Display | |
Data in XML | 6sj9_validation.xml.gz | 48.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6sj9_validation.cif.gz | 66.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/6sj9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 73269.359 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paenarthrobacter aurescens (bacteria) / Gene: AAur_2182 / Variant: 579 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: A0A4Y3NDN0*PLUS |
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-Non-polymers , 5 types, 273 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Bis-Tris-propane pH 8.8 to 9.2, 80-160 mM KSCN, 18-21% w/v PEG-2000 PH range: 8.8 - 9.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.978561 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 21, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978561 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→48.725 Å / Num. obs: 87298 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 67.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 27.3 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→48.725 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / Phase error: 26.83
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 211.32 Å2 / Biso mean: 74.6171 Å2 / Biso min: 26.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→48.725 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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